In den ersten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts zogen Tausende Salvadorianer aus ihrem Heimatland El Salvador ins benachbarte Honduras. Dies war größtenteils auf eine unterdrückerische Regierung und die Verlockung billigen Landes zurückzuführen. Bis 1969 lebten rund 350.000 Salvadorianer über die Grenze. In den 1960er Jahren begann sich ihre Lage zu verschlechtern, als die Regierung von General Oswaldo Lopez Arellano versuchte, an der Macht zu bleiben. 1966 gründeten die Großgrundbesitzer in Honduras den Nationalen Verband der Landwirte und Viehhalter von Honduras mit dem Ziel, ihre Interessen zu wahren.
Unter Druck auf die Regierung von Arellano gelang es dieser Gruppe, eine Propagandakampagne der Regierung einzuleiten, um ihre Sache voranzubringen. Diese Kampagne hatte den sekundären Effekt, den honduranischen Nationalismus in der Bevölkerung zu stärken. Voller Nationalstolz begannen die Honduraner, salvadorianische Einwanderer anzugreifen und Schläge, Folter und in einigen Fällen Mord zu begehen. Anfang 1969 nahmen die Spannungen mit der Verabschiedung eines Landreformgesetzes in Honduras weiter zu. Diese Gesetzgebung konfiszierte Land von salvadorianischen Einwanderern und verteilte es unter den gebürtigen Honduranern.
Die eingewanderten Salvadorianer wurden ihres Landes beraubt und gezwungen, nach El Salvador zurückzukehren. Als die Spannungen auf beiden Seiten der Grenze zunahmen, begann El Salvador, das Land, das den salvadorianischen Einwanderern genommen worden war, als eigenes Land zu beanspruchen. Angesichts der Medien in beiden Ländern, die für die FIFA-Weltmeisterschaft 1970 im Juni verantwortlich waren, trafen sich die beiden Länder in einer Reihe von Qualifikationsspielen. Das erste Spiel wurde am 6. Juni in Tegucigalpa gespielt und führte zu einem 1: 0-Sieg in Honduras. Es folgte am 15. Juni ein Spiel in San Salvador, das El Salvador mit 3: 0 gewann.
Beide Spiele waren von Aufruhrbedingungen und offenen Demonstrationen extremen Nationalstolzes umgeben. Die Aktionen der Fans bei den Spielen gaben dem Konflikt, der im Juli stattfinden würde, letztendlich den Namen. Am 26. Juni, einen Tag vor dem entscheidenden Spiel in Mexiko (3: 2 für El Salvador), gab El Salvador bekannt, dass die diplomatischen Beziehungen zu Honduras unterbrochen würden. Die Regierung begründete diese Aktion mit der Feststellung, dass Honduras keine Maßnahmen ergriffen habe, um diejenigen zu bestrafen, die Verbrechen gegen salvadorianische Einwanderer begangen hatten.
Infolgedessen wurde die Grenze zwischen den beiden Ländern gesperrt und es begannen regelmäßig Grenzscharmützel. Beide Regierungen hatten vorausgesehen, dass ein Konflikt wahrscheinlich war, und ihre Streitkräfte aktiv aufgestockt. Sie wurden durch ein US-Waffenembargo vom direkten Kauf von Waffen abgehalten und suchten nach alternativen Mitteln für den Erwerb von Ausrüstung. Dies beinhaltete den Kauf von Oldtimerkämpfern des Zweiten Weltkriegs, wie F4U Corsairs und P-51 Mustangs, von privaten Eigentümern. Infolgedessen war der Fußballkrieg der letzte Konflikt, in dem sich Kolbenmotor-Kämpfer duellierten.
Am frühen Morgen des 14. Juli begann die salvadorianische Luftwaffe, Ziele in Honduras anzugreifen. Dies geschah im Zusammenhang mit einer großen Bodenoffensive, die sich auf die Hauptstraße zwischen den beiden Ländern konzentrierte. Salvadorianische Truppen zogen auch gegen mehrere honduranische Inseln im Golfo de Fonseca. Obwohl die salvadorianischen Truppen auf Widerstand der kleineren honduranischen Armee stießen, rückten sie stetig vor und eroberten die Hauptstadt des Departements Nueva Ocotepeque. Am Himmel waren die Honduraner besser aufgestellt, da ihre Piloten schnell einen Großteil der salvadorianischen Luftwaffe zerstörten.
Honduranische Flugzeuge stießen über die Grenze und trafen auf salvadorianische Ölfabriken und Depots, um die Versorgung der Front zu unterbrechen. Die salvadorianische Offensive geriet ins Stocken und kam zum Erliegen, da ihr Logistiknetz schwer beschädigt war. Am 15. Juli traf sich die Organisation Amerikanischer Staaten in einer Dringlichkeitssitzung und forderte El Salvador auf, sich aus Honduras zurückzuziehen. Die Regierung in San Salvador lehnte ab, es sei denn, sie versprach, den Vertriebenen Wiedergutmachung zu gewähren und den in Honduras verbliebenen keinen Schaden zuzufügen.
Die OAS arbeitete fleißig und konnte am 18. Juli einen Waffenstillstand vereinbaren, der zwei Tage später in Kraft trat. El Salvador war immer noch unzufrieden und weigerte sich, seine Truppen abzuziehen. Erst als Sanktionen drohten, gab die Regierung von Präsident Fidel Sanchez Hernandez nach. Als El Salvador am 2. August 1969 das Gebiet Honduras verließ, erhielt er von der Regierung von Arellano das Versprechen, die in Honduras lebenden Einwanderer zu schützen.
Während des Konflikts wurden rund 250 honduranische Soldaten sowie rund 2.000 Zivilisten getötet. Insgesamt wurden in Salvador rund 2.000 Menschen getötet. Obwohl sich das salvadorianische Militär gut geschlagen hatte, war der Konflikt für beide Länder im Wesentlichen ein Verlust. Infolge der Kämpfe versuchten rund 130.000 salvadorianische Einwanderer, nach Hause zurückzukehren. Ihre Ankunft in einem bereits übervölkerten Land trug zur Destabilisierung der salvadorianischen Wirtschaft bei. Darüber hinaus beendete der Konflikt die Operationen des Zentralamerikanischen Gemeinsamen Marktes für zweiundzwanzig Jahre. Während der Waffenstillstand am 20. Juli eingeführt wurde, sollte ein endgültiger Friedensvertrag erst am 30. Oktober 1980 unterzeichnet werden.