Am 3. Februar 2003 ging die Polizei nach einem Notruf mit 9-1-1 zu Spectors Haus in Los Angeles. Wie in den Polizeiberichten angegeben, fand die Polizei die Leiche der 40-jährigen Schauspielerin Lana Clarkson in einem Stuhl im Foyer zusammengesackt. Sie war in den Mund geschossen worden, und auf dem Boden neben ihrem Körper befand sich ein Revolver mit einem Durchmesser von 0,38 Colt und einem zwei Zoll langen Lauf.
Clarkson war Schauspielerin und arbeitete auch als Hostess in einer VIP-Lounge im House of Blues in West Hollywood in der Nacht, als sie den 62-jährigen Spector kennenlernte und ihn in seiner Limousine zurückließ.
Sein Fahrer Adriano De Souza teilte der Grand Jury mit, dass er draußen gewartet habe, nachdem die beiden in Spectors Villa gegangen waren. Unmittelbar nachdem die beiden das Haus betreten hatten, kehrte Spector zum Auto zurück und holte eine Aktentasche. Ungefähr eine Stunde später hörte De Souza einen Schuss und beobachtete dann, wie Spector mit einer Pistole in der Hand aus der Hintertür ging. Laut De Souza sagte Spector zu ihm: "Ich glaube, ich habe jemanden getötet."
Nachdem die Polizei am Tatort ankam, entstand ein kleiner Kampf, als Spector gebeten wurde, seine Hände zu zeigen, die in seinen Vordertaschen eingeklemmt waren. Er kämpfte gegen die Polizei und wurde schließlich unterworfen, nachdem die Polizei einen Taser-Elektroschocker auf ihn gerichtet und ihn dann zu Boden geschlagen hatte.
Innerhalb des Hauses fand die Polizei neun zusätzliche Schusswaffen und eine Blutspur im ganzen Haus.
Abschriften von Aussagen der Jury in dem Fall zeigen, dass Spector der Polizei zuerst erzählte, dass er versehentlich die Schauspielerin Lana Clarkson erschossen habe, und später sagte, sie habe Selbstmord begangen. Als die Polizistin Beatrice Rodriquez am Tatort ankam, sagte Spector zu ihr: "Ich wollte sie nicht erschießen. Es war ein Unfall."
Nach einer sechsmonatigen Untersuchung wurde Spector im November 2003 offiziell wegen Mordes an Lana Clarkson angeklagt.
Die Anwälte von Spector versuchten erfolglos, die schädigenden Aussagen zu unterdrücken, doch am 28. Oktober 2005 entschied der Richter, dass die Aussagen gegen Spector vor Gericht verwendet werden könnten.
Ein pensionierter Polizist, der zeitweise als Sicherheitsbeamter für Joan Rivers gearbeitet hatte, sagte während des Prozesses aus, dass er Spector von zwei Weihnachtsfeiern ausgeschlossen habe, weil er eine Waffe geschwungen und gewalttätige und drohende Aussagen über Frauen gemacht habe.
Spector stellte drei Anwälte ein und entließ sie. Der Verteidiger Robert Shapiro vertrat Spector bei seiner Anklage und frühen Anhörungen vor Gericht und veranlasste seine Freilassung gegen eine Kaution in Höhe von 1 Million US-Dollar. Er wurde von Leslie Abramson und Marcia Morrissey ersetzt. Bruce Cutler, der ehemalige langjährige Anwalt des New Yorker Mafia-Chefs John Gotti, ersetzte sie.