Im August 1863 begann die US-Armee mit dem Bau des Rock Island-Gefängnisses. Das Gefängnis befindet sich auf einer Insel zwischen Davenport, Iowa und Rock Island, Illinois. Es wurde für die Unterbringung gefangener Soldaten der Konföderierten Armee konzipiert. Geplant war der Bau von 84 Baracken mit jeweils 120 Häftlingen und einer eigenen Küche. Der Palisadenzaun war 3 Meter hoch. Es gab einen Wachposten, der alle dreißig Meter aufgestellt war und nur zwei Öffnungen hatte, um hineinzukommen. Das Gefängnis sollte auf 12 Morgen der 946 Morgen, die die Insel umfassten, gebaut werden.
Im Dezember 1863 wurden im noch unvollendeten Rock Island-Gefängnis die ersten Gefangenen aufgenommen, die von den Truppen von General Ulysses S. Grant während der Schlacht am Lookout Mountain in Chattanooga, Tennessee, gefangen genommen worden waren. Während die erste Gruppe 468 Personen zählte, würde die Gefängnisbevölkerung am Ende des Monats 5000 gefangene konföderierte Soldaten übersteigen, von denen einige auch in der Schlacht von Missionary Ridge in Tennessee gefangen genommen worden waren.
Die Temperaturen lagen im Dezember 1963 unter null Grad Fahrenheit, als diese ersten Gefangenen eintrafen. Die Temperatur sollte für den Rest des ersten Winters zeitweise nur zweiunddreißig Grad unter Null liegen.
Da der Bau des Gefängnisses nicht abgeschlossen war, als der erste konföderierte Gefangene eintraf, waren Hygiene und Krankheiten, insbesondere ein Ausbruch der Pocken, zu dieser Zeit ein Problem. Als Reaktion darauf errichtete die Unionsarmee im Frühjahr 1864 ein Krankenhaus und installierte ein Abwassersystem, mit dessen Hilfe die Bedingungen innerhalb der Gefängnismauern sofort verbessert und die Pockenepidemie beendet wurden.
Im Juni 1864 änderte das Rock Island-Gefängnis die Menge der Verpflegung, die die Gefangenen erhielten, erheblich, da das Andersonville-Gefängnis Soldaten der Unionsarmee behandelte, die Gefangene waren. Diese Änderung der Rationen führte sowohl zu Mangelernährung als auch zu Skorbut, was zum Tod von Gefangenen der Konföderierten in der Haftanstalt Rock Island führte.
Während der Zeit, in der Rock Island in Betrieb war, lebten dort über 12.000 konföderierte Soldaten, von denen fast 2000 starben. Obwohl viele behaupten, Rock Island sei mit dem Andersonville-Gefängnis der Konföderierten vergleichbar, starben nur siebzehn Prozent ihrer Gefangenen im Vergleich zu zwanzig - Sieben Prozent der Gesamtbevölkerung von Andersonville. Außerdem hatte Rock Island Baracken gegen künstliche Zelte eingezäunt oder war völlig in den Elementen, wie es in Andersonville der Fall war.
Insgesamt einundvierzig Gefangene flohen und wurden nicht zurückerobert. Eine der größten Fluchten ereignete sich im Juni 1864, als sich mehrere Gefangene den Weg bahnten. Die letzten beiden wurden beim Verlassen des Tunnels gefangen und drei weitere wurden noch auf der Insel gefangen. Ein Flüchtling ertrank beim Schwimmen über den Mississippi, aber sechs weitere schafften es erfolgreich. Innerhalb weniger Tage wurden vier von ihnen von den Streitkräften der Union zurückerobert, aber zwei konnten sich der Eroberung vollständig entziehen.
Das Gefängnis von Rock Island wurde im Juli 1865 geschlossen und das Gefängnis kurz danach vollständig zerstört. 1862 richtete der Kongress der Vereinigten Staaten ein Arsenal auf Rock Island ein. Heute ist es das größte von der Regierung betriebene Arsenal unseres Landes, das fast die gesamte Insel umfasst. Es heißt jetzt Arsenal Island.
Der einzige verbleibende Beweis dafür, dass es während des Bürgerkriegs ein Gefängnis gab, in dem konföderierte Soldaten saßen, ist der Konföderierte Friedhof, auf dem ungefähr 1950 Gefangene beigesetzt sind. Außerdem befindet sich auf der Insel der Rock Island National Cemetery, auf dem die Überreste von mindestens 150 Union Guards sowie über 18.000 Unionssoldaten beigesetzt sind.