Der Alchemist ist ein zweiteiliger Roman und ein Epilog. Es dreht sich um einen andalusischen Hirten namens Santiago und seine Suche nach seiner eigenen persönlichen Legende, die ihn von seinem Dorf zu den Pyramiden Ägyptens führt. Auf seinen Reisen lernt er eine Reihe von Charakteren kennen, die ihm entweder direkt helfen oder ihm eine wertvolle Lektion anhand eines Beispiels erteilen.
Melchisedek und der Alchimist werden Mentoren, während der Engländer ein Beispiel dafür gibt, was passiert, wenn Sie sich Wissen hauptsächlich aus Büchern aneignen möchten, und der Kristallhändler ihm die Art des Lebens zeigt, die man führt, wenn man eine persönliche Legende nicht beachtet. Der Alchemist spielt in einem Universum, in dem jedes Wesen seine eigene persönliche Legende hat und in dem die Welt eine Seele hat, die von allem geteilt wird, vom Lebewesen bis zur rauen Materie.
Santiago ist ein junger Hirte aus Andalusien und freut sich über eine bevorstehende Reise in eine Stadt, in der er im vergangenen Jahr gewesen war, als er ein Mädchen getroffen hatte, mit dem er verliebt war. Sie ist die Tochter eines Kaufmanns, der Wolle von ihm kauft, ein Mann mit Vertrauensproblemen, der verlangt, dass Santiago seine Schafe vor ihm schert, um Betrug zu vermeiden. Er schläft in einer verlassenen Kirche, in der er immer wieder von Pyramiden träumt. Wenn er es einer Zigeunerin erklärt, interpretiert sie es ziemlich direkt und sagt, dass er tatsächlich nach Ägypten reisen muss, um einen vergrabenen Schatz zu finden. Zunächst zögert er, weil er sein Leben als Hirte genießt und gegen den Willen seiner Eltern vorgehen musste, weil sie wollten, dass er Priester wird.
Dann trifft er auf einen alten Mann namens Melchizedek, der das Konzept der „persönlichen Legende“ erklärt, der persönlichen Erfüllung, die jeder verfolgen muss. Es ist "das, was Sie schon immer erreichen wollten. Jeder, wenn er jung ist, weiß, was seine persönliche Legende ist." Er sagt ihm, er müsse auf Omen hören, um seinen Schatz zu finden, und er gibt ihm zwei magische Steine, Urim und Thummim, die auf die Fragen, auf die er selbst keine Antwort finden kann, „Ja“ und „Nein“ antworten.
Santiago schafft es nach dem Verkauf seiner Schafe nach Tanger, doch dort wird er von einem Mann, der ihm gesagt hatte, er könne ihn zu den Pyramiden bringen, seines ganzen Geldes beraubt. Das macht ihm nicht allzu viel aus, als er anfängt, für einen Kristallhändler zu arbeiten, und tatsächlich das Geschäft seines Arbeitgebers mit seinen klugen Ideen stärkt. Der Kristallhändler hatte früher selbst eine persönliche Legende, die nach Mekka pilgerte, aber er gab sie auf.
Sobald Santiago genug Geld verdient, ist er sich nicht sicher, was er tun soll. Elf Monate sind vergangen, und er ist sich nicht sicher, ob er nach Andalusien zurückkehren soll, um mit seinem Verdienst Schafe zu kaufen oder seine Suche fortzusetzen. Er steigt schließlich in eine Karawane ein, um zu den Pyramiden zu reisen. Dort trifft er einen Mitreisenden, den Engländer, der sich mit Alchemie beschäftigt. Er ist auf dem Weg in die Al-Fayoum-Oase, um einen Alchemisten zu treffen. Er hofft zu lernen, wie man Metall in Gold verwandelt. Während einer Reise in die Wüste lernt Santiago, mit der Seele der Welt in Kontakt zu treten.
In der Wüste brodeln Kriege, so dass die Karawane vorerst in der Oase bleibt. Santiago beschließt, dem Engländer zu helfen, den Alchemisten zu finden. Ihre Informationsquelle ist Fatima, ein Mädchen, das er trifft, als sie Wasser aus dem Brunnen sammelt und in das er sich sofort verliebt. Er schlägt vor, sie zu heiraten, und sie stimmt zu, vorausgesetzt, er schließt seine Suche ab. Sie ist eine „Wüstenfrau“, die die Vorzeichen lesen kann und weiß, dass jeder vor seiner Rückkehr gehen muss.
Nachdem er sich in die Wüste gewagt hat, hat Santiago die Vision, dass zwei Falken einander angreifen und die Oase angegriffen wird. Eine Oase anzugreifen ist ein Verstoß gegen die Regeln der Wüste, deshalb bezieht er es auf die Häuptlinge, aber sie sagen, dass er mit seinem Leben bezahlen muss, wenn die Oase nicht angegriffen wird. Kurz nach dieser Vision trifft er einen Fremden in schwarzen Gewändern auf einem weißen Pferd, der sich als Alchemist entlarvt.
Die Oase wird angegriffen und dank der Warnung von Santiago können die Bewohner die Angreifer besiegen. Dies bleibt dem Alchemisten nicht verborgen, der seinerseits beschließt, Santiago als Mentor zu unterstützen und ihm zu helfen, die Pyramiden zu erreichen. Sie werden jedoch bald von einer anderen Gruppe von Kriegern in der Wüste gefangen genommen. Der Alchemist sagt zu Santiago, dass er der Wind werden soll, um die Reise voranzutreiben.
Santiago, der die Seele der Welt immer besser kennt, konzentriert sich auf die Wüste und schafft es schließlich, zum Wind zu werden. Dies erschreckt die Entführer, die ihn und den Alchemisten sofort befreien.
Sie schaffen es zu einem Kloster, wo der Alchemist etwas Blei in Gold verwandelt und es teilt. Seine Reise stoppt hier, als er in die Oase zurückkehren muss, aber Santiago fährt fort und erreicht schließlich die Pyramiden. Er beginnt an dem Ort zu graben, von dem er geträumt hat, seinen Schatz zu finden, wird aber von Räubern überfallen und bekommt heftige Prügel. Einer der Angreifer verspottete ihn, als er sich erkundigte, was Santiago dort tat, und erwähnte, dass er einen Traum von einem Schatz hatte, der von einer verlassenen Kirche in Spanien vergraben worden war, und dass er nicht dumm genug war, ihn zu verfolgen.
Dies gibt Santiago die Antwort, die er gesucht hat. Sobald er in die Kirche in Spanien zurückkehrt, gräbt er den Schatz umgehend aus, erinnert sich, dass er einen Bruchteil davon der Zigeunerin schuldet, und beschließt, sich mit Fatima wieder zu vereinigen.