Eine der dringlichsten Herausforderungen, mit denen afrikanische Staaten bei Independence konfrontiert waren, war der Mangel an Infrastruktur. Die europäischen Imperialisten waren stolz darauf, Zivilisation zu bringen und Afrika zu entwickeln, aber sie ließen ihre ehemaligen Kolonien mit wenig Infrastruktur zurück. Die Imperien hatten Straßen und Eisenbahnen gebaut - oder besser gesagt, sie hatten ihre Kolonialherren gezwungen, sie zu bauen -, aber diese waren nicht dazu bestimmt, nationale Infrastrukturen aufzubauen. Kaiserliche Straßen und Eisenbahnen sollten fast immer den Export von Rohstoffen erleichtern. Viele, wie die Ugandan Railroad, liefen direkt an die Küste.
Diesen neuen Ländern fehlte auch die Fertigungsinfrastruktur, um ihren Rohstoffen einen Mehrwert zu verleihen. Da viele afrikanische Länder reich an Ernten und Mineralien waren, konnten sie diese Waren nicht selbst verarbeiten. Ihre Volkswirtschaften waren vom Handel abhängig, und dies machte sie anfällig. Sie waren auch in Zyklen von Abhängigkeiten von ihren früheren europäischen Meistern gefangen. Sie hatten politische, nicht wirtschaftliche Abhängigkeiten gewonnen, und wie Kwame Nkrumah - der erste Premierminister und Präsident Ghanas - wusste, war politische Unabhängigkeit ohne wirtschaftliche Unabhängigkeit bedeutungslos.
Der Mangel an Infrastruktur bedeutete auch, dass afrikanische Länder für einen Großteil ihrer Energie von westlichen Volkswirtschaften abhängig waren. Selbst ölreiche Länder verfügten nicht über die Raffinerien, um ihr Rohöl in Benzin oder Heizöl umzuwandeln. Einige Führer, wie Kwame Nkrumah, versuchten, dies zu korrigieren, indem sie massive Bauprojekte übernahmen, wie das Staudammprojekt am Volta River. Der Damm lieferte den dringend benötigten Strom, aber sein Bau verschuldete Ghana stark. Der Bau erforderte auch den Umzug von Zehntausenden von Ghanaern und trug zu Nkrumahs Unterstützung in Ghana bei. 1966 wurde Nkrumah gestürzt.
Bei Independence gab es mehrere Präsidenten, wie Jomo Kenyatta, die über mehrere Jahrzehnte politische Erfahrung verfügten, aber andere, wie der tansanische Julius Nyerere, waren erst Jahre vor der Unabhängigkeit in den politischen Streit eingetreten. Es gab auch einen deutlichen Mangel an ausgebildeten und erfahrenen Zivilführern. Die unteren Ränge der Kolonialregierung waren lange Zeit mit afrikanischen Untertanen besetzt gewesen, die höheren Ränge waren jedoch weißen Beamten vorbehalten gewesen. Der Übergang zu nationalen Offizieren bei der Unabhängigkeit bedeutete, dass es Einzelpersonen auf allen Ebenen der Bürokratie gab, die zuvor kaum geschult waren. In einigen Fällen führte dies zu Innovationen, aber die vielen Herausforderungen, denen sich die afrikanischen Staaten bei der Unabhängigkeit gegenübersahen, wurden häufig durch den Mangel an erfahrener Führung verschärft.
Die Grenzen der neuen afrikanischen Länder waren diejenigen, die während des Scramble for Africa in Europa gezogen wurden, ohne Rücksicht auf die ethnische oder soziale Landschaft vor Ort. Die Untertanen dieser Kolonien hatten oft viele Identitäten, die ihren Sinn fürs Sein übertrafen, zum Beispiel Ghanaer oder Kongolesen. Die Kolonialpolitik, die eine Gruppe gegenüber einer anderen privilegierte oder Land und politische Rechte durch "Stamm" zuordnete, verschärfte diese Spaltungen. Der berühmteste Fall war die belgische Politik, die die Spaltungen zwischen Hutus und Tutsis in Ruanda kristallisierte, die 1994 zum tragischen Völkermord führten.
Unmittelbar nach der Entkolonialisierung stimmten die neuen afrikanischen Staaten einer Politik der unantastbaren Grenzen zu, was bedeutet, dass sie nicht versuchen würden, die politische Landkarte Afrikas neu zu zeichnen, da dies zu Chaos führen würde. Die Staats- und Regierungschefs dieser Länder standen daher vor der Herausforderung, ein Gefühl der nationalen Identität zu entwickeln, als diejenigen, die eine Beteiligung an dem neuen Land suchten, häufig die regionalen oder ethnischen Loyalitäten des Einzelnen in Frage stellten.
Schließlich fiel die Entkolonialisierung mit dem Kalten Krieg zusammen, der eine weitere Herausforderung für die afrikanischen Staaten darstellte. Der Druck und das Ziehen zwischen den Vereinigten Staaten und der Union der Sozialistischen Sowjetrepubliken (UdSSR) machten die Nichtangleichung zu einer schwierigen, wenn nicht sogar unmöglichen Option, und diejenigen Führer, die versuchten, den dritten Weg zu beschreiten, stellten allgemein fest, dass sie Partei ergreifen mussten.
Die Politik des Kalten Krieges bot auch eine Gelegenheit für Fraktionen, die versuchten, die neuen Regierungen herauszufordern. In Angola führte die internationale Unterstützung, die die Regierung und die Rebellen im Kalten Krieg erhielten, zu einem Bürgerkrieg, der fast dreißig Jahre dauerte.
Diese kombinierten Herausforderungen machten es schwierig, starke Volkswirtschaften oder politische Stabilität in Afrika zu etablieren, und trugen zu dem Umbruch bei, dem sich viele (aber nicht alle!) Staaten zwischen den späten 60er und späten 90er Jahren gegenübersahen.