Guilá Naquitz ist eine der wichtigsten archäologischen Stätten in Nord- und Südamerika, die für ihre bahnbrechenden Entdeckungen beim Verständnis der Domestizierung von Pflanzen bekannt ist. Das Gelände wurde in den 1970er Jahren von dem US-amerikanischen Archäologen Kent V. Flannery mit wegweisenden Methoden der Umwelt- und Umweltprobenahme ausgegraben. Die Ergebnisse dieser Probentechniken in Guila Naquitz und anderer darauffolgender Ausgrabungen schrieben neu, was Archäologen zuvor über den Zeitpunkt der Domestizierung von Pflanzen verstanden hatten.
Guilá Naquitz ist eine kleine Höhle, die zwischen 8000 und 6500 v. U. Z. von Jägern und Sammlern mindestens sechsmal im Herbst (Oktober bis Dezember) des Jahres von örtlichen Jägern und Sammlern bewohnt wird. Die Höhle befindet sich im Tehuacán-Tal des Bundesstaates Oaxaca, Mexiko, etwa 5 Kilometer nordwestlich der Stadt Mitla. Die Mündung der Höhle öffnet sich in der Nähe des Fußes einer großen Klippe aus Ignimbrit, die sich 300 Meter über dem Talboden erhebt.
Die frühesten Informationen über die Domestizierung vieler amerikanischer domestizierter Kulturen - Mais, Flaschenkürbis, Kürbis und Bohnen - wurden in den 1950er und 1960er Jahren in Lagerstätten gefunden, die in fünf Höhlen Mexikos entdeckt wurden. Das waren Guilá Naquitz; Romeros und Valenzuelas Höhlen in der Nähe von Ocampo, Tamaulipas; und Coxcatlán und San Marcos Höhlen in Tehuacán, Puebla.
In den Höhlenablagerungen wurden fünf natürliche Schichten (A-E) identifiziert, die sich bis zu einer maximalen Tiefe von 140 cm (55 Zoll) erstreckten. Leider kann nur die oberste Schicht (A) eindeutig datiert werden. Sie basiert auf Radiokohlenstoff-Daten aus den Böden und der Keramik, die zum Monte Alban IIIB-IV, Ca. 700 CE. Die Daten der anderen Schichten in der Höhle sind in gewissem Maße widersprüchlich: Die AMS-Radiokarbondaten der Pflanzenteile, die in den Schichten B, C und D entdeckt wurden, sind auf fast 10.000 Jahre zurückgegangen, und zwar weit innerhalb der archaischen Zeit. Für die Zeit, in der es entdeckt wurde, war das ein umwerfendes frühes Date.
In den 1970er Jahren kam es zu einer erheblichen und heftigen Debatte, insbesondere über die Radiokohlenstoff-Datteln aus Guila Naquitzs Teosinte (dem genetischen Vorläufer von Mais), die sich größtenteils zerstreuten, nachdem ähnlich alte Mais-Datteln aus den Höhlen von San Marcos und Coxcatlan in Oaxaca geborgen worden waren und Puebla und der Standort Xihuatoxtla in Guerrero.
In den Höhlenvorkommen von Guilá Naquitz wurde eine breite Palette pflanzlicher Nahrung gewonnen, darunter Eicheln, Pinyon, Kaktusfrüchte, Hackbeeren, Mesquitschoten und vor allem die wilden Formen von Flaschenkürbis, Kürbis und Bohnen. Alle diese Pflanzen würden innerhalb weniger Generationen domestiziert. Weitere bei Guila Naquitz nachgewiesene Pflanzen sind Chilischoten, Amaranth, Chenopodium und Agave. Zu den Nachweisen aus den Höhlenvorkommen zählen Pflanzenteile - Stiele, Samen, Früchte und Rindenfragmente, aber auch Pollen und Phytolithen.
In den Lagerstätten wurden drei Maiskolben mit Pflanzenbestandteilen sowohl von Teosinte (dem wilden Vorläufer von Mais) als auch von Mais gefunden, die durch AMS-Radiokohlenwasserstoff direkt datiert wurden und etwa 5.400 Jahre alt sind. Sie wurden so interpretiert, dass sie Anzeichen einer beginnenden Domestizierung aufwiesen. Squash-Rinden waren ebenfalls mit Radiokohlenstoff datiert und wurden vor ungefähr 10.000 Jahren hergestellt.