Es wird angenommen, dass die frühesten menschlichen Vorfahren aus dem afrikanischen Kontinent stammen. Als sich Primaten an den Baum des Lebens anpassten und sich dann in viele verschiedene Arten verzweigten, erschien die Linie, die schließlich zu unseren modernen Menschen wurde. Da der Äquator den afrikanischen Kontinent direkt durchschneidet, erhalten die Länder dort das ganze Jahr über fast direktes Sonnenlicht. Dieses direkte Sonnenlicht mit ultravioletten Strahlen und die warmen Temperaturen bringen Druck für die natürliche Auswahl der dunklen Hautfarbe. Pigmente, wie Melanin in der Haut, schützen vor diesen schädlichen Sonnenstrahlen. Dies hielt Personen mit dunklerer Haut länger am Leben und sie reproduzierten die dunkelhäutigen Gene und gaben sie an ihre Nachkommen weiter.
Das Hauptgen, das die Augenfarbe kontrolliert, ist relativ eng mit den Genen verknüpft, die die Hautfarbe verursachen. Es wird angenommen, dass die alten menschlichen Vorfahren alle dunkelbraune oder fast schwarz gefärbte Augen und sehr dunkles Haar hatten (was auch durch die mit der Augen- und Hautfarbe verbundenen Gene gesteuert wird). Auch wenn braune Augen immer noch als die am meisten dominierende Augenfarbe angesehen werden, gibt es heute in der Weltbevölkerung verschiedene Augenfarben. Woher kamen all diese Augenfarben??
Während noch Beweise gesammelt werden, stimmen die meisten Wissenschaftler darin überein, dass die natürliche Selektion für die helleren Augenfarben mit der Lockerung der Selektion für die dunkleren Hauttöne zusammenhängt. Als menschliche Vorfahren begannen, zu verschiedenen Orten auf der ganzen Welt zu wandern, war der Druck für die Auswahl der dunklen Hautfarbe nicht so groß. Besonders für menschliche Vorfahren, die sich in den heutigen westeuropäischen Ländern niederließen, war die Auswahl dunkler Haut und dunkler Augen nicht länger überlebensnotwendig. Diese viel höheren Breiten ermöglichten unterschiedliche Jahreszeiten und kein direktes Sonnenlicht wie in der Nähe des Äquators auf dem afrikanischen Kontinent. Da der Selektionsdruck nicht mehr so hoch war, war die Mutation von Genen wahrscheinlicher.
Die Augenfarbe ist etwas komplex, wenn es um Genetik geht. Die Farbe des menschlichen Auges wird nicht wie bei vielen anderen Merkmalen durch ein einziges Gen bestimmt. Es wird stattdessen als polygenes Merkmal angesehen, was bedeutet, dass auf verschiedenen Chromosomen mehrere unterschiedliche Gene vorhanden sind, die Informationen darüber enthalten, welche Augenfarbe ein Individuum besitzen sollte. Wenn diese Gene exprimiert werden, mischen sie sich zu verschiedenen Schattierungen unterschiedlicher Farben. Eine entspannte Auswahl für die dunkle Augenfarbe ermöglichte es auch, mehr Mutationen in den Griff zu bekommen. Dadurch entstanden noch mehr Allele, die im Genpool kombiniert werden konnten, um verschiedene Augenfarben zu erzielen.
Personen, die ihre Vorfahren in westeuropäische Länder zurückverfolgen können, haben im Allgemeinen eine hellere Hautfarbe und hellere Augenfarbe als Personen aus anderen Teilen der Welt. Einige dieser Individuen haben auch Teile ihrer DNA gezeigt, die denen der lang ausgestorbenen Neandertaler-Linie sehr ähnlich waren. Von Neandertalern wurde angenommen, dass sie hellere Haar- und Augenfarben haben als von ihnen Homo Sapien Cousins und Cousinen.
Möglicherweise entwickeln sich im Laufe der Zeit neue Augenfarben. Da Individuen mit verschiedenen Augenfarbtönen miteinander brüten, kann die Vermischung dieser polygenen Merkmale auch zur Entstehung neuer Augenfarbtöne führen. Sexuelle Selektion kann auch einige der verschiedenen Augenfarben erklären, die im Laufe der Zeit aufgetaucht sind. Die Paarung beim Menschen ist in der Regel nicht zufällig und als Spezies können wir unsere Partner anhand der gewünschten Eigenschaften auswählen. Einige Personen mögen eine Augenfarbe attraktiver finden als eine andere und einen Partner mit dieser Augenfarbe wählen. Dann werden diese Gene an ihre Nachkommen weitergegeben und stehen weiterhin im Genpool zur Verfügung.