Im Juli 1793 war die Revolution am tiefsten. Die feindlichen Truppen rückten auf französischem Boden vor, britische Schiffe schwebten in der Nähe französischer Häfen und hofften, sich mit Rebellen zu verbinden, die Vendée war zu einer Region offener Rebellion geworden, und es kam häufig zu föderalistischen Aufständen. Die Pariser machten sich Sorgen, dass Charlotte Corday, die Attentäterin von Marat, nur eine von Tausenden von in der Hauptstadt operierenden Provinz-Rebellen war, die bereit waren, die Führer der Revolution in Scharen niederzuschlagen. In der Zwischenzeit hatten in vielen Teilen von Paris Machtkämpfe zwischen Sansculottes und ihren Feinden begonnen. Das ganze Land entwickelte sich zu einem Bürgerkrieg.
Es wurde schlimmer, bevor es besser wurde. Während viele der föderalistischen Revolten unter lokalem Druck zusammenbrachen - Nahrungsmittelknappheit, Angst vor Repressalien, nur ungernem Weitmarsch - und die Aktionen der auf Mission entsandten Abgeordneten des Konvents. Am 27. August 1793 nahm Toulon ein Angebot zum Schutz vor einer britischen Flotte an die vor der Küste gesegelt waren, sich für den Säugling Louis VII aussprachen und die Briten im Hafen begrüßten.
Während das Komitee für öffentliche Sicherheit am 1. August 1793 keine Exekutivregierung war, lehnte der Konvent einen Antrag ab, der die provisorische Regierung forderte. Es war das engste Frankreich, das es je hatte, und es stellte sich der Herausforderung mit äußerster Rücksichtslosigkeit. Im Laufe des nächsten Jahres sammelte das Komitee die Ressourcen der Nation, um die vielen Krisen zu bewältigen. Es präsidierte auch die blutigste Periode der Revolution: Der Terror.
Marat mag getötet worden sein, aber viele französische Staatsbürger brachten seine Ideen immer noch zur Sprache, hauptsächlich, dass nur der extreme Einsatz der Guillotine gegen Verräter, Verdächtige und Konterrevolutionäre die Probleme des Landes lösen würde. Sie hielten Terror für notwendig - nicht gegenständlichen Terror, keine Haltung, sondern tatsächliche Regierungsherrschaft durch Terror.
Die Abgeordneten des Konvents beachteten diese Forderungen zunehmend. Es gab Beschwerden über einen "Geist der Mäßigung" im Konvent und eine weitere Reihe von Preiserhöhungen wurde schnell "Endormern" oder "Bulldozern" (wie bei schlafenden) Abgeordneten vorgeworfen. Am 4. September 1793 wurde eine Demonstration für mehr Löhne und Brot schnell zum Vorteil derer, die Terror forderten, durchgeführt, und sie kehrten am 5. September 1793 zum Konvent zurück. Chaumette, unterstützt von Tausenden von Sans-Culottes, erklärte, dass der Konvent den Mangel durch strikte Umsetzung der Gesetze beseitigen sollte.
Der Konvent stimmte zu und stimmte darüber hinaus dafür, die revolutionären Armeen zu organisieren, mit denen die Menschen in den vergangenen Monaten gegen die Hamsterer und unpatriotischen Landbevölkerung marschiert waren, obwohl sie Chaumettes Bitte, die Armeen mit Guillotinen auf Rädern zu versehen, abgelehnt hatten noch schnellere Gerechtigkeit. Darüber hinaus argumentierte Danton, dass die Waffenproduktion gesteigert werden sollte, bis jeder Patriot eine Muskete besaß, und dass das Revolutionsgericht geteilt werden sollte, um die Effizienz zu steigern. Die Sansculotten hatten dem Konvent und durch ihn wieder ihre Wünsche aufgezwungen; Terror war jetzt in Kraft.
Am 17. September wurde ein Gesetz der Verdächtigen eingeführt, das die Festnahme von Personen erlaubt, deren Verhalten darauf hindeutet, dass sie Tyrannei oder Föderalismus unterstützen. Dieses Gesetz könnte leicht verdreht werden, um nahezu jeden in der Nation zu treffen. Terror kann leicht auf alle angewendet werden. Es gab auch Gesetze gegen Adlige, die die Revolution alles andere als eifrig unterstützt hatten. Ein Maximum wurde für eine breite Palette von Nahrungsmitteln und Gütern festgelegt, und die Revolutionsarmeen bildeten sich und machten sich auf die Suche nach Verrätern und vernichteten den Aufstand. Sogar die Sprache war betroffen, und der Begriff "Bürger" wurde zur populären Art, sich auf andere zu beziehen. Nichtbeachtung war ein Grund zur Vermutung.
Normalerweise wird vergessen, dass die Gesetze, die während des Terrors verabschiedet wurden, über die einfache Bewältigung der verschiedenen Krisen hinausgingen. Das Bocquier-Gesetz vom 19. Dezember 1793 sah für alle Kinder im Alter von 6 bis 13 Jahren ein System der obligatorischen und freien staatlichen Bildung vor, allerdings mit einem Lehrplan, der den Patriotismus betont. Obdachlose Kinder wurden ebenfalls zur Staatsaufgabe, und Menschen, die unehelich geboren wurden, erhielten das volle Erbrecht. Ein universelles System von metrischen Gewichten und Maßen wurde am 1. August 1793 eingeführt, während ein Versuch unternommen wurde, die Armut zu beenden, indem "verdächtige" Güter verwendet wurden, um den Armen zu helfen.
Es sind jedoch die Hinrichtungen, für die der Terror so berüchtigt ist, und diese begannen mit der Hinrichtung einer Fraktion namens Enrages, der am 17. Oktober die frühere Königin Marie Antoinette und am 31. Oktober viele der Girondins folgten . Rund 16.000 Menschen (ohne Todesfälle in der Vendée, siehe unten) gingen in den nächsten neun Monaten zur Guillotine, da der Terror seinem Namen alle Ehre machte, und starben in der Regel im Gefängnis.
In Lyon, das sich Ende 1793 ergab, entschied das Komitee für öffentliche Sicherheit, ein Beispiel zu geben, und es gab so viele, dass vom 4. bis 8. Dezember 1793 Menschen massenhaft durch Kanonenfeuer hingerichtet wurden. Ganze Stadtteile wurden zerstört und 1880 getötet. In Toulon, das am 17. Dezember dank eines Kapitäns Bonaparte und seiner Artillerie zurückerobert wurde, wurden 800 erschossen und fast 300 guillotiniert. Marseille und Bordeaux, die ebenfalls kapitulierten, entkamen mit „nur“ Hunderten von Hinrichtungen relativ leicht.
Die Gegenoffensive des Komitees für öffentliche Sicherheit hat den Terror tief ins Herz der Vendée gedrängt. Die Regierungstruppen gewannen auch Gefechte und erzwangen einen Rückzug, bei dem rund 10.000 Menschen ums Leben kamen und „die Weißen“ begannen zu schmelzen. Die endgültige Niederlage der Armee der Vendée in Savenay war jedoch nicht das Ende, denn es folgten Repressionen, die das Gebiet verwüsteten, Landstriche verbrannten und rund eine Viertelmillion Rebellen schlachteten. In Nantes befahl der Missionsabgeordnete Carrier, die "Schuldigen" an Lastkähnen zu binden, die dann im Fluss versenkt wurden. Dies waren die "Noyades" und sie töteten mindestens 1800 Menschen.
Carriers Aktionen waren typisch für den Herbst 1793, als die Missionsabgeordneten die Initiative ergriffen, um den Terror unter Einsatz revolutionärer Armeen zu verbreiten, die möglicherweise auf 40.000 Mann angewachsen waren. Diese wurden normalerweise aus der Region angeworben, in der sie tätig sein sollten, und bestanden in der Regel aus Handwerkern aus den Städten. Ihre Ortskenntnisse waren für die Suche nach Hortern und Verrätern, normalerweise auf dem Land, von entscheidender Bedeutung.
In ganz Frankreich sind möglicherweise etwa eine halbe Million Menschen inhaftiert, und 10.000 sind ohne Gerichtsverfahren im Gefängnis gestorben. Es gab auch viele Lynchmorde. Diese frühe Phase des Terrors richtete sich jedoch nicht, wie die Legende erzählt, an Adlige, die nur 9% der Opfer ausmachten. Geistliche waren 7%. Die meisten Hinrichtungen fanden in föderalistischen Gebieten statt, nachdem die Armee die Kontrolle wiedererlangt hatte und einige loyale Gebiete weitgehend unversehrt davongekommen waren. Es waren normale, alltägliche Menschen, die Massen anderer normaler, alltäglicher Menschen töteten. Es war ein Bürgerkrieg, keine Klasse.
Während des Terrors begannen die Missionsabgeordneten, die Symbole des Katholizismus anzugreifen: Bilder zu zerschlagen, Gebäude zu zerstören und Gewänder zu verbrennen. Am 7. Oktober wurde in Reims das heilige Öl von Clovis zertrümmert, mit dem französische Könige gesalbt wurden. Als ein revolutionärer Kalender eingeführt wurde, der am 22. September 1792 mit dem christlichen Kalender brach (dieser neue Kalender hatte zwölf Uhr dreißig Tage mit drei Wochen von zehn Tagen), verstärkten die Abgeordneten ihre Entchristlichung, insbesondere in Regionen, in denen es Aufstände gab wurde abgelegt. Die Pariser Kommune machte die Entchristlichung zu einer offiziellen Politik, und in Paris begannen Angriffe auf religiöse Symbole: Der Heilige wurde sogar aus den Straßennamen entfernt.