1533 kolonisierte Francisco Pizarro, ein spanischer Eroberer, Peru, um Macht zu erlangen und das Land zu verwestlichen, wodurch die Dynamik des Landes völlig verändert wurde. Peru wurde dezimiert gelassen, als die Spanier mit ihnen Krankheiten kauften, die über 90% der Inkabevölkerung töteten.
Die Inkas kamen 1200 n. Chr. An, eine indigene Gruppe von Jägern und Sammlern, bestehend aus Ayllus, einer Gruppe von Familien, die von einem Häuptling namens "Curaca" kontrolliert wurden. Die meisten Inkas lebten nicht in Städten, da diese zu Regierungszwecken, nur zu geschäftlichen Zwecken oder für religiöse Feste genutzt wurden, da sie äußerst religiös waren. Die Wirtschaft der Inka kann als prosperierend angesehen werden, da in Peru Minen existierten, die Luxusgold und Silber produzierten. Zu dieser Zeit verfügten sie über eine der mächtigsten Armeen, die zahlreiche Waffen einsetzten und jeden Mann rekrutierten, der zum Militärdienst fähig war.
Die Spanier eroberten Peru mit dem Ziel, das Land zu verwestlichen und die Dynamik des Landes vollständig zu verändern, ähnlich den Absichten der anderen Kolonialmächte in der Ära der Erforschung und Kolonialisierung. 1527 entdeckte ein anderer spanischer Entdecker, der ein spanisches Schiff befehligte, ein Floß mit 20 Inkas an Bord und war erstaunt, zahlreiche Luxusgüter zu entdecken, darunter Gold und Silber. Er bildete drei der Inkas zu Dolmetschern aus, da er über seine Entdeckungen berichten wollte. Dies führte 1529 zu Pizarros Expedition.
Die Spanier wollten es unbedingt erkunden, angezogen von der Aussicht auf ein reiches Land. Für einige, wie Pizarro und seine Brüder, ermöglichte es ihnen, aus der verarmten Gemeinde Extremadura in Westspanien zu fliehen. Die Spanier wollten außerdem Ansehen und Macht in Europa erlangen, eroberten zuvor 1521 das Aztekenreich Mexiko und begannen 1524, Mittelamerika zu erobern.
Während seiner dritten Expedition nach Peru eroberte Francisco Pizarro 1533 Peru, nachdem er den letzten Inka-Kaiser Atahualpa hingerichtet hatte. Er war von einem Bürgerkrieg zwischen zwei Inka-Brüdern, Söhnen eines Sapa-Inkas, unterstützt worden. Pizarro wurde 1541 ermordet, als "Almagro" zum neuen peruanischen Gouverneur ernannt wurde. Am 28. Juli 1821 wurde Peru von der Kolonialherrschaft unabhängig, nachdem ein argentinischer Soldat namens San Martin die Spanier in Peru eroberte.
Die spanische Kolonialisierung führte dazu, dass Spanisch die Hauptsprache in Peru wurde. Die Spanier haben die Bevölkerungsstruktur des Landes verändert und ihre Spuren hinterlassen. So ist das spanische Wappen noch immer ein Symbol für Peru, nachdem es 1537 vom spanischen König Karl I. verliehen wurde.
Die Spanier brachten Krankheiten mit und töteten zahlreiche Inkas, darunter den Inka-Kaiser. Die Inkas erkrankten an Malaria, Masern und Pocken, da sie keine natürliche Immunität hatten. N. D. Cook (1981) zeigte, dass Peru infolge der spanischen Kolonialisierung einen Bevölkerungsrückgang von 93% verzeichnete. Im Gegenzug gaben die Inkas die Syphilis an die Spanier weiter. Die Krankheiten töteten große Mengen der Inkapopulation; mehr Inkas, die an Krankheiten erkrankt waren, als auf dem Schlachtfeld.
Die Spanier haben auch ihr Ziel erreicht, den Katholizismus in Peru zu verbreiten. Etwa vier Fünftel der heutigen Bevölkerung Perus sind römisch-katholisch. Das peruanische Bildungssystem umfasst nun die gesamte Bevölkerung, anders als die herrschende Klasse während der Kolonialherrschaft. Dies kam Peru sehr zugute, das jetzt eine Alphabetisierungsrate von 90% hat, im Gegensatz zu den Analphabeten und armen Inkas während der spanischen Herrschaft, und daher nicht in der Lage ist, als Land voranzukommen.
Insgesamt ist es den Spaniern gelungen, die Demografie Perus vollständig zu verändern. Sie zwangen die katholische Religion den Inkas auf, blieben bis heute unverändert und behielten Spanisch als Hauptsprache bei. Sie töteten große Mengen der Inka-Bevölkerung aufgrund von Krankheiten aus Europa, zerstörten die Inka-Bevölkerung und verwendeten rassistische Spannungen, um ein Hierarchiesystem mit den Inkas an der Unterseite zu schaffen. Die Spanier beeinflussten Peru auch stark, da sie ihm seinen Namen gaben, was auf ein Missverständnis des indischen Namens "Fluss" zurückzuführen war.