Das alternative Anwesenheitssystem oder Sankin-Kotai, Es handelte sich um eine Tokugawa-Shogunat-Politik, nach der Daimyo (oder Provinzherren) ihre Zeit zwischen der Hauptstadt ihrer eigenen Domäne und der Hauptstadt des Shoguns, Edo (Tokio), aufteilen mussten. Die Tradition begann tatsächlich informell während der Regierungszeit von Toyotomi Hideyoshi (1585 - 1598), wurde aber 1635 von Tokugawa Iemitsu gesetzlich kodifiziert.
Tatsächlich galt das erste Sankin-Kotai-Gesetz nur für die sogenannten tozama oder "außerhalb" Daimyo. Dies waren Herren, die sich der Tokugawa-Seite erst nach der Schlacht von Sekigahara (21. Oktober 1600) anschlossen, die die Macht der Tokugawa in Japan festigte. Viele der Lords aus fernen, großen und mächtigen Gebieten gehörten zu den tozama daimyo, so dass sie die erste Priorität des Shoguns waren, die Kontrolle zu erlangen.
Im Jahre 1642 wurde Sankin-Kotai jedoch auch auf das Fudai Daimyo, dessen Clans schon vor Sekigahara mit den Tokugawas verbündet waren. Eine Vergangenheit der Loyalität war keine Garantie für ein anhaltend gutes Benehmen, daher mussten die Fudai Daimyo auch ihre Koffer packen.
Im Rahmen des alternativen Anwesenheitssystems musste jeder Domain-Lord abwechselnd Jahre in seinen eigenen Domain-Hauptstädten verbringen oder am Shogun-Gericht in Edo teilnehmen. Die Daimyo mussten in beiden Städten verschwenderische Häuser unterhalten und jedes Jahr für die Reise mit ihren Gefolgsleuten und Samurai-Armeen zwischen den beiden Orten bezahlen. Die Zentralregierung versicherte den Daimyo, dass sie ihre Frauen und erstgeborenen Söhne jederzeit als virtuelle Geiseln des Shoguns in Edo zurücklassen mussten.
Die Shoguns gaben als Grund für die Belastung des Daimyos an, dass dies für die Landesverteidigung notwendig sei. Jeder Daimyo musste eine bestimmte Anzahl von Samurai liefern, die nach dem Reichtum seiner Domäne berechnet wurden, und sie alle zwei Jahre zum Militärdienst in die Hauptstadt bringen. Die Shoguns ergriffen diese Maßnahme jedoch tatsächlich, um die Daimyo zu beschäftigen und ihnen hohe Kosten aufzuerlegen, damit die Lords nicht die Zeit und das Geld hatten, Kriege zu beginnen. Alternativer Besuch war ein wirksames Mittel, um zu verhindern, dass Japan in das Chaos der Sengoku-Zeit (1467 - 1598) zurückfiel..
Das alternative Anwesenheitssystem hatte auch einige sekundäre, möglicherweise ungeplante Vorteile für Japan. Weil die Herren und ihre große Anzahl von Anhängern so oft reisen mussten, brauchten sie gute Straßen. Infolgedessen wuchs im ganzen Land ein System gut ausgebauter Autobahnen. Die Hauptstraßen zu jeder Provinz wurden als die bekannt Kaido.
Die abwechselnd anwesenden Reisenden belebten auch die Wirtschaft auf ihrer gesamten Strecke und kauften Lebensmittel und Unterkünfte in den Städten und Dörfern, die sie auf ihrem Weg nach Edo durchquerten. Entlang des Kaido entstand eine neue Art von Hotel oder Gästehaus, bekannt als honjin, und speziell gebaut, um die Daimyo und ihre Gefolgsleute aufzunehmen, wenn sie von und nach der Hauptstadt reisten. Das alternative Anwesenheitssystem bot auch Unterhaltung für die einfachen Leute. Die jährlichen Prozessionen der Daimyos in die Hauptstadt des Shoguns waren festliche Anlässe, und alle schauten zu, wie sie vorbeizogen. Schließlich liebt jeder eine Parade.
Die abwechselnde Teilnahme am Tokugawa Shogunate hat gut funktioniert. Während seiner gesamten Regierungszeit von mehr als 250 Jahren war kein Tokugawa-Shogun einem Aufstand der Daimyo ausgesetzt. Das System blieb bis 1862 in Kraft, nur sechs Jahre bevor der Shogun in der Meiji-Restauration fiel. Unter den Führern der Meiji-Restaurationsbewegung befanden sich zwei der tozama (außerhalb) aller Daimyos - die unruhigen Herren von Chosu und Satsuma am südlichen Ende der wichtigsten japanischen Inseln.