Am 16. September 1810 gab Pater Miguel Hidalgo, Pfarrer der Stadt Dolores, den berühmten „Grito de la Dolores“ oder „Schrei der Dolores“ heraus. Bald stand er an der Spitze einer riesigen, widerspenstigen Menge von Bauern und Indianer mit Macheten und Keulen bewaffnet. Die jahrelange Vernachlässigung und die hohen Steuern der spanischen Behörden hatten die Menschen in Mexiko blutbereit gemacht. Zusammen mit dem Mitverschwörer Ignacio Allende führte Hidalgo seinen Mob durch die Städte San Miguel und Celaya, bevor er die größte Stadt der Region ins Visier nahm: die Bergbaustadt Guanajuato.
Hidalgo hatte seinen Soldaten erlaubt, die Häuser von Spaniern in der Stadt San Miguel zu plündern, und die Reihen seiner Armee waren voller Plünderer. Als sie Celaya durchquerten, wechselte das lokale Regiment, das sich hauptsächlich aus kreolischen Offizieren und Soldaten zusammensetzte, die Seiten und schloss sich den Rebellen an. Weder Allende, der einen militärischen Hintergrund hatte, noch Hidalgo konnten den wütenden Mob, der ihnen folgte, vollständig kontrollieren. Die „Armee“ der Rebellen, die am 28. September auf Guanajuato herabstieg, war eine Masse von Wut, Rache und Gier, die laut Augenzeugenberichten zwischen 20.000 und 50.000 lag.
Der Intendant von Guanajuato, Juan Antonio Riaño, war ein alter persönlicher Freund von Hidalgo. Hidalgo schickte seinem alten Freund sogar einen Brief, in dem er anbot, seine Familie zu beschützen. Riaño und die Royalisten in Guanajuato beschlossen zu kämpfen. Sie wählten den großen, festungsartigen öffentlichen Getreidespeicher (Alhóndiga de Granaditas) um sich zu behaupten: Alle Spanier zogen ihre Familien und ihren Reichtum hinein und befestigten das Gebäude so gut sie konnten. Riaño war zuversichtlich: Er glaubte, dass der auf Guanajuato marschierende Pöbel durch organisierten Widerstand schnell aufgelöst würde.
Die Horde von Hidalgo traf am 28. September ein und wurde schnell von vielen Bergleuten und Arbeitern von Guanajuato unterstützt. Sie belagerten den Getreidespeicher, in dem royalistische Offiziere und Spanier um ihr Leben und das ihrer Familien kämpften. Die Angreifer griffen an en masse, schwere Verluste nehmen. Hidalgo befahl einigen seiner Männer, auf nahe gelegene Dächer zu fahren, wo sie Steine auf die Verteidiger und auf das Dach des Getreidespeichers warfen, das schließlich unter dem Gewicht zusammenbrach. Es gab nur ungefähr 400 Verteidiger, und obwohl sie eingegraben waren, konnten sie nicht gegen solche Chancen gewinnen.
Während Riaño einige Verstärkungen dirigierte, wurde er sofort erschossen. Sein Stellvertreter, der Stadtbevollmächtigte, befahl den Männern, eine weiße Flagge der Kapitulation zu hissen. Als die Angreifer einmarschierten, um Gefangene zu machen, widersprach der ranghohe Militäroffizier auf dem Gelände, Major Diego Berzábal, dem Kapitulationsbefehl und die Soldaten eröffneten das Feuer auf die vorrückenden Angreifer. Die Angreifer hielten die „Kapitulation“ für einen Trick und verdoppelten ihre Angriffe wütend.
Der Legende nach hatte die Schlacht einen höchst unwahrscheinlichen Helden: einen lokalen Bergmann mit dem Spitznamen „Pípila“, der ein Hühnertruthahn ist. Pípila verdiente sich seinen Namen wegen seiner Gangart. Er wurde deformiert geboren und andere dachten, er sei wie ein Truthahn gegangen. Pípila wurde oft wegen seiner Missbildung verspottet und wurde ein Held, als er sich einen großen, flachen Stein auf den Rücken schnallte und mit Teer und einer Fackel zur großen Holztür des Getreidespeichers ging. Der Stein beschützte ihn, als er den Teer auf die Tür legte und sie in Brand setzte. Bald brannte die Tür durch und die Angreifer konnten eintreten.
Die Belagerung und der Angriff auf den befestigten Getreidespeicher dauerten nur etwa fünf Stunden. Nach der Episode der weißen Flagge wurde den Verteidigern, die alle massakriert wurden, kein Viertel mehr angeboten. Frauen und Kinder wurden manchmal verschont, aber nicht immer. Hidalgos Armee plünderte in Guanajuato und plünderte die Häuser von Spaniern und Kreolen. Die Plünderung war schrecklich, da alles, was nicht festgenagelt war, gestohlen wurde. Die endgültige Zahl der Todesopfer betrug rund 3.000 Aufständische und alle 400 Verteidiger des Getreidespeichers.
Hidalgo und seine Armee verbrachten einige Tage in Guanajuato, organisierten die Kämpfer in Regimenter und gaben Proklamationen heraus. Sie marschierten am 8. Oktober aus, auf dem Weg nach Valladolid (jetzt Morelia).
Die Belagerung von Guanajuato markierte den Beginn ernsthafter Differenzen zwischen den beiden Führern des Aufstands, Allende und Hidalgo. Allende war entsetzt über die Massaker, Plünderungen und Plünderungen, die er während und nach der Schlacht erlebte: Er wollte das Gesindel ausmerzen, eine kohärente Armee der übrigen bilden und einen "ehrenhaften" Krieg führen. Hidalgo hingegen ermutigte die Plünderung und betrachtete sie als Rückzahlung für die jahrelange Ungerechtigkeit der Spanier. Hidalgo wies auch darauf hin, dass ohne die Aussicht auf Plünderungen viele Kombattanten verschwinden würden.
Die Schlacht selbst war verloren, als Riaño die Spanier und die reichsten Kreolen in der „Sicherheit“ des Getreidespeichers einsperrte. Die normalen Bürger von Guanajuato fühlten sich (zu Recht) betrogen und verlassen und standen den Angreifern schnell zur Seite. Außerdem interessierten sich die meisten angreifenden Bauern nur für zwei Dinge: Spanier töten und plündern. Durch die Konzentration aller Spanier und der gesamten Beute in einem Gebäude machte Riaño es unvermeidlich, dass das Gebäude angegriffen und alle massakriert würden. Pípila hat die Schlacht überstanden und heute steht eine Statue von ihm in Guanajuato.
Das Grauen von Guanajuato verbreitete sich bald in Mexiko. Die Behörden in Mexiko-Stadt stellten bald fest, dass sie einen großen Aufstand hatten, und begannen, seine Verteidigung zu organisieren, die auf dem Monte de las Cruces erneut mit Hidalgo zusammenstoßen würde.
Guanajuato war auch insofern bedeutsam, als es viele wohlhabende Kreolen dem Aufstand entfremdete: Sie würden sich erst viel später dem Aufstand anschließen. Kreolische und spanische Häuser wurden bei den mutwilligen Plünderungen zerstört, und viele kreolische Familien hatten Söhne oder Töchter, die mit Spaniern verheiratet waren. Diese ersten Kämpfe der mexikanischen Unabhängigkeit wurden als Klassenkampf und nicht als kreolische Alternative zur spanischen Regierung angesehen.