1798 kam der französische Unabhängigkeitskrieg in Europa vorübergehend zum Erliegen, und die Streitkräfte des revolutionären Frankreichs und ihrer Feinde befanden sich im Frieden. Nur Großbritannien blieb im Krieg. Die Franzosen versuchten immer noch, ihre Position zu sichern, und wollten Großbritannien ausschalten. Obwohl Napoleon Bonaparte, der Held Italiens, den Befehl erhielt, sich auf eine Invasion in Großbritannien vorzubereiten, war allen klar, dass ein solches Abenteuer niemals gelingen würde: Die britische Royal Navy war zu stark, um einen funktionsfähigen Brückenkopf zuzulassen.
Napoleon hatte lange Träume von Kämpfen im Nahen Osten und in Asien, und er formulierte einen Plan, durch einen Angriff auf Ägypten zurückzuschlagen. Eine Eroberung hier würde den französischen Einfluss auf das östliche Mittelmeer sichern und Napoleons Meinung nach einen Weg eröffnen, um Großbritannien in Indien anzugreifen. Das Directory, die fünfköpfige Organisation, die Frankreich regierte, war ebenso daran interessiert zu sehen, wie Napoleon sein Glück in Ägypten versuchte, weil es ihn davon abhalten würde, sie an sich zu reißen, und seinen Truppen etwas zu geben, was sie außerhalb Frankreichs tun könnten. Es bestand auch die geringe Chance, dass er die Wunder Italiens wiederholen würde. Infolgedessen segelte Napoleon, eine Flotte und eine Armee im Mai von Toulon aus; Er hatte über 250 Transporter und 13 Linienschiffe. Nachdem sie unterwegs Malta erobert hatten, landeten am 1. Juli 40.000 Franzosen in Ägypten. Sie nahmen Alexandria gefangen und marschierten nach Kairo. Ägypten gehörte ursprünglich zum Osmanischen Reich, stand jedoch unter der praktischen Kontrolle des Mamelucken-Militärs.
Napoleons Streitmacht bestand nicht nur aus Truppen. Er hatte eine Armee von Zivilwissenschaftlern mitgebracht, die das Institut für Ägypten in Kairo gründen sollten, um von Osten zu lernen und es zu "zivilisieren". Für einige Historiker begann die Wissenschaft der Ägyptologie ernsthaft mit der Invasion. Napoleon behauptete, er sei dort, um den Islam und die ägyptischen Interessen zu verteidigen, aber er wurde nicht geglaubt und Aufstände begannen.
Ägypten könnte nicht von den Briten kontrolliert werden, aber die Mameluckenherrscher freuten sich nicht, Napoleon zu sehen. Eine ägyptische Armee marschierte auf die Franzosen zu und stieß am 21. Juli bei der Schlacht um die Pyramiden zusammen. Ein Kampf der militärischen Epochen, es war ein klarer Sieg für Napoleon, und Kairo war besetzt. Napoleon setzte eine neue Regierung ein, die den "Feudalismus", die Leibeigenschaft und den Import französischer Strukturen beendete.
Napoleon konnte jedoch nicht auf See befehligen, und am 1. August wurde die Schlacht am Nil ausgetragen. Der britische Marinekommandeur Nelson war geschickt worden, um die Landung Napoleons zu stoppen, und hatte ihn beim Nachschub vermisst. Schließlich fand er die französische Flotte und ergriff die Gelegenheit zum Angriff, während sie in der Aboukir-Bucht anlegte, um Vorräte aufzunehmen Bis in die Nacht hinein und am frühen Morgen: Nur zwei Schiffe der Linie flohen (sie wurden später versenkt), und Napoleons Versorgungsleitung hatte aufgehört zu existieren. Am Nil zerstörte Nelson elf Linienschiffe, was einem Sechstel der französischen Marine entsprach, darunter einige sehr neue und große Schiffe. Es würde Jahre dauern, um sie zu ersetzen, und dies war der entscheidende Kampf der Kampagne. Napoleons Position schwächte sich plötzlich ab, die Rebellen, die er ermutigt hatte, wandten sich gegen ihn. Acerra und Meyer haben argumentiert, dass dies die entscheidende Schlacht der Napoleonischen Kriege war, die noch nicht begonnen hatte.
Napoleon konnte nicht einmal sein Heer nach Frankreich zurückbringen und als sich feindliche Streitkräfte formierten, marschierte Napoleon mit einer kleinen Armee in Syrien ein. Ziel war es, das Osmanische Reich neben dem Bündnis mit Großbritannien zu würdigen. Nach der Einnahme von Jaffa - wo dreitausend Gefangene hingerichtet wurden - belagerte er Acre, was sich jedoch trotz der Niederlage einer von den Osmanen entsandten Hilfsarmee hielt. Die Pest verwüstete die Franzosen und Napoleon wurde nach Ägypten zurückgedrängt. Fast hätte er einen Rückschlag erlitten, als osmanische Streitkräfte, die britische und russische Schiffe einsetzten, 20.000 Menschen in Aboukir landeten, aber er griff schnell an, bevor Kavallerie, Artillerie und Eliten gelandet und sie in die Flucht geschlagen waren.
Napoleon traf nun eine Entscheidung, die ihn in den Augen vieler Kritiker verdammt hat: Die politische Situation in Frankreich zu erkennen, war reif für Veränderungen, sowohl für ihn als auch gegen ihn, und zu glauben, nur er könne die Situation retten, seine Position retten und das Kommando übernehmen Im ganzen Land verließ Napoleon seine Armee und kehrte mit einem Schiff, das den Briten ausweichen musste, nach Frankreich zurück. Er sollte bald die Macht in einem Staatsstreich ergreifen.
General Kleber wurde zur Führung der französischen Armee überlassen und unterzeichnete mit den Osmanen die Konvention von El Arish. Dies hätte ihm erlauben sollen, die französische Armee nach Frankreich zurückzuziehen, doch die Briten lehnten dies ab, weshalb Kleber Kairo angriff und zurückeroberte. Er wurde einige Wochen später ermordet. Die Briten beschlossen nun, Truppen zu entsenden, und eine Truppe unter Abercromby landete in Aboukir. Die Briten und Franzosen kämpften kurz darauf in Alexandria, und während Abercromby getötet wurde, wurden die Franzosen geschlagen, aus Kairo vertrieben und zur Kapitulation gezwungen. Eine weitere britische Invasionstruppe wurde in Indien organisiert, um über das Rote Meer anzugreifen.
Die Briten erlaubten nun der französischen Truppe, nach Frankreich zurückzukehren, und die von Großbritannien festgehaltenen Gefangenen wurden nach einem Deal im Jahr 1802 zurückgebracht. Napoleons orientalische Träume waren vorbei.