Als Commodore Matthew Perry und die amerikanischen schwarzen Schiffe in Edo Harbour auftauchten, lösten ihre Erscheinung und die anschließende "Öffnung" Japans eine unvorhersehbare Kette von Ereignissen in Tokugawa Japan aus, darunter ein Bürgerkrieg, der fünfzehn Jahre später ausbrach: die Boshin Krieg.
Der Boshin-Krieg dauerte nur zwei Jahre, zwischen 1868 und 1869, und setzte japanische Samurai und Adlige gegen das regierende Tokugawa-Regime aus, wobei die Samurai den Shogun stürzen und dem Kaiser die politische Macht zurückgeben wollten.
Letztendlich überzeugten die militanten kaiserfreundlichen Samurai von Satsuma und Choshu den Kaiser, ein Dekret zur Auflösung des Hauses Tokugawa zu erlassen, ein möglicherweise tödlicher Schlag für die Familie der ehemaligen Shoguns.
Am 27. Januar 1868 griff die über 15.000 Mann zählende Shogunatsarmee, die sich hauptsächlich aus traditionellen Samurai zusammensetzte, die Truppen von Satsuma und Choshu am südlichen Eingang der kaiserlichen Hauptstadt Kyoto an.
Choshu und Satsuma hatten nur 5.000 Soldaten im Kampf, aber sie verfügten über moderne Waffen, darunter Gewehre, Haubitzen und sogar Gatling-Kanonen. Als die pro-imperialen Truppen den zweitägigen Kampf gewannen, wechselten einige wichtige Daimyo ihre Loyalität vom Shogun zum Kaiser.
Am 7. Februar verließ der ehemalige Shogun Tokugawa Yoshinobu Osaka und zog sich in seine eigene Hauptstadt Edo (Tokio) zurück. Von seiner Flucht entmutigt, gaben die Shogunalstreitkräfte ihre Verteidigung der Burg von Osaka auf, die am folgenden Tag den kaiserlichen Streitkräften unterstand.
In einem weiteren Schlag gegen den Shogun beschlossen die Außenminister der Westmächte Anfang Februar, die Regierung des Kaisers als die rechtmäßige Regierung Japans anzuerkennen. Dies hinderte die kaiserlichen Samurai jedoch nicht daran, in mehreren Fällen Ausländer anzugreifen, da die Stimmung gegen Ausländer sehr hoch war.
Saigo Takamori, später als "letzter Samurai" bekannt, führte die Truppen des Kaisers im Mai 1869 durch Japan, um Edo zu umzingeln. Kurze Zeit später ergab sich die Hauptstadt des Shoguns bedingungslos.
Trotz dieser anscheinend schnellen Niederlage der Shogunal-Streitkräfte weigerte sich der Kommandeur der Shogun-Marine, acht seiner Schiffe abzugeben, anstatt nach Norden zu fahren, in der Hoffnung, sich mit den Samurai des Aizu-Clans und anderen Kriegern der Norddomäne zu verbünden, die immer noch loyal gegenüber den waren Shogunal-Regierung.
Die Nordkoalition war tapfer, stützte sich jedoch auf traditionelle Kampfmethoden und Waffen. Die gut bewaffneten kaiserlichen Truppen brauchten von Mai bis November 1869, um den hartnäckigen Widerstand im Norden endgültig zu besiegen, aber am 6. November ergaben sich die letzten Aizu-Samurai.
Zwei Wochen zuvor hatte die Meiji-Zeit offiziell begonnen, und die ehemalige Shogunal-Hauptstadt von Edo wurde in Tokio umbenannt, was soviel wie "östliche Hauptstadt" bedeutet.
Obwohl der Boshin-Krieg vorbei war, gingen die Folgen dieser Reihe von Ereignissen weiter. Die Hartnäckigen der Nordkoalition sowie einige französische Militärberater versuchten, die separate Ezo-Republik auf der Nordinsel Hokkaido zu errichten, aber die kurzlebige Republik ergab sich und verschwand am 27. Juni 1869.
In einer interessanten Wendung bedauerte Saigo Takamori von der Meiji-Satsuma-Domäne später seine Rolle bei der Meiji-Restaurierung. Er wurde schließlich in eine Führungsrolle bei der zum Scheitern verurteilten Satsuma-Rebellion versetzt, die 1877 mit seinem Tod endete.