Eine Bürgerrechtsbewegung namens Freedom Summer aus dem Jahr 1964 war eine Kampagne, mit der Schwarze in den südlichen Vereinigten Staaten zur Stimmabgabe angemeldet werden sollten. Tausende weiße und schwarze Studenten und Bürgerrechtler schlossen sich der Organisation „Kongress für Rassengleichheit“ (CORE) an und reisten in die südlichen Bundesstaaten, um Wähler zu registrieren. In dieser Atmosphäre wurden drei Bürgerrechtler von Mitgliedern des Ku Klux Klan getötet.
Der 24-jährige Michael Schwerner aus Brooklyn, New York, und der 21-jährige James Chaney aus Meridian, Mississippi, arbeiteten in und um Neshoba County, Mississippi, um Schwarze zur Wahl zu melden, "Freedom Schools" zu eröffnen und Schwarze zu organisieren Boykott von weißen Unternehmen in Meridan.
Die Aktivitäten der Bürgerrechtler machten das Gebiet Klu Klux Klan wütend und es war geplant, das Gebiet von den prominenteren Aktivisten zu befreien. Michael Schwerner, oder "Goatee" und "Jew-Boy", wie der Klan ihn nannte, wurde ein Hauptziel des Ku-Klux-Klans, nachdem er den Meridan-Boykott erfolgreich organisiert und sich entschlossen hatte, die örtlichen Schwarzen als Wähler zu registrieren erfolgreicher als die Versuche des Klans, Angst in die schwarzen Gemeinschaften zu bringen.
Der Ku Klux Klan war in den 1960er Jahren in Mississippi sehr aktiv, und zu den Mitgliedern zählten lokale Geschäftsleute, Strafverfolgungsbehörden und prominente Männer in den Gemeinden. Sam Bowers war der kaiserliche Zauberer der Weißen Ritter während des "Freiheitssommers" und hatte eine starke Abneigung gegen Schwerner. Im Mai 1964 erhielten die Mitglieder von Lauderdale und Neshoba KKK die Nachricht von Bowers, dass Plan 4 aktiviert wurde. Plan 4 war, Schwerner loszuwerden.
Der Klan erfuhr, dass Schwerner am Abend des 16. Juni ein Treffen mit Mitgliedern in der Mount Zion-Kirche in Longdale, Mississippi, hatte. Die Kirche sollte ein zukünftiger Ort für eine der vielen Freedom Schools sein, die in ganz Mississippi eröffnet wurden. Mitglieder der Kirche hielten an diesem Abend ein Geschäftstreffen ab und als die 10 die Kirche gegen 22 Uhr verließen. In dieser Nacht trafen sie sich von Angesicht zu Angesicht mit mehr als 30 Klansmen, die mit Schrotflinten angetreten waren.
Der Klan wurde jedoch falsch informiert, weil Schwerner tatsächlich in Oxford, Ohio, war. Der Klan war frustriert, den Aktivisten nicht gefunden zu haben, und begann, die Mitglieder der Kirche zu schlagen. Er brannte die holzgerahmte Kirche nieder. Schwerner erfuhr von dem Brand und beschloss, zusammen mit James Chaney und Andrew Goodman, die alle an einem dreitägigen CORE-Seminar in Oxford teilnahmen, nach Longdale zurückzukehren, um den Vorfall in der Mount Zion Church zu untersuchen. Am 20. Juni fuhren die drei in einem blauen Ford-Kombi von CORE nach Süden.
Schwerner war sich der Gefahr bewusst, Bürgerrechtler in Mississippi zu sein, insbesondere im Landkreis Neshoba, der den Ruf hatte, besonders unsicher zu sein. Nach einem Zwischenstopp in Meridian, MS, fuhr die Gruppe direkt nach Neshoba Country, um die ausgebrannte Kirche zu inspizieren und einige der geschlagenen Mitglieder zu treffen. Während der Besuche erfuhren sie, dass das eigentliche Ziel des KKK Schwerner war, und sie wurden gewarnt, dass einige einheimische Weiße versuchten, ihn zu finden.
Um 3 Uhr nachmittags. Die drei in dem gut sichtbaren blauen Kernwagen, der auf dem Weg nach Meridan war, war Sue Brown, die im Kernbüro in Meridian stationiert war. Schwerner sagte ihnen, wenn die drei nicht um halb fünf zurück wären pm, dann waren sie in Schwierigkeiten. Nachdem die drei entschieden hatten, dass der Highway 16 eine sicherere Route sei, bogen sie nach Westen ab und fuhren durch Philadelphia, Missouri, zurück nach Meridan. Ein paar Meilen außerhalb von Philadelphia entdeckte Klan-Mitglied, stellvertretender Sheriff Cecil Price, den CORE-Wagen auf der Autobahn.
Price entdeckte nicht nur das Auto, sondern erkannte auch den Fahrer James Chaney. Der Klan hasste Chaney, einen schwarzen Aktivisten und geborenen Mississippianer. Price zog den Wagen heran, verhaftete die drei Studenten und sperrte sie ein, weil sie im Feuer der Mount Zion Church des Brandstiftungsverdachts verdächtigt wurden.
Nachdem die drei nicht rechtzeitig nach Meridan zurückgekehrt waren, riefen die CORE-Mitarbeiter das Gefängnis des Verwaltungsbezirks Neshoba an und fragten, ob die Polizei Informationen über die drei Bürgerrechtler habe. Gefängniswärterin Minnie Herring bestritt jegliche Kenntnis von ihrem Aufenthaltsort. Alle Ereignisse, die sich nach der Inhaftierung der drei ereigneten, sind ungewiss, aber eines ist sicher: Sie wurden nie wieder lebend gesehen. Es war der 21. Juni 1964.
Am 23. Juni waren FBI-Agent John Proctor und ein Team von 10 Agenten in Neshoba, um das Verschwinden der drei Männer zu untersuchen. Was die KKK nicht erwartet hatte, war die nationale Aufmerksamkeit, die das Verschwinden der drei Bürgerrechtsaktivisten erregen würde. Dann übte Präsident Lyndon B. Johnson Druck auf J. Edgar Hoover aus, um den Fall zu lösen. Das erste FBI-Büro in Mississippi wurde eröffnet und das Militär beförderte Seeleute in den Kreis Neshoba, um bei der Suche nach den vermissten Männern zu helfen.
Der Fall wurde für Mississippi Burning als MIBURN bekannt, und hochrangige FBI-Inspektoren wurden entsandt, um bei den Ermittlungen zu helfen.
Das FBI, das das Verschwinden der drei Bürgerrechtler in Mississippi im Juni 1964 untersuchte, konnte endlich die Ereignisse zusammenfassen, die aufgrund der Informanten des Ku-Klux-Klan am Abend der Morde stattfanden.
Bis Dezember 1964 hatte ihnen das Klan-Mitglied James Jordan, ein Informant des FBI, genügend Informationen zur Verfügung gestellt, um mit der Verhaftung von 19 Männern in den Landkreisen Neshoba und Lauderdale zu beginnen.
Innerhalb einer Woche nach der Verhaftung der 19 Männer wies der US-Kommissar die Anklage zurück, wonach Jordaniens Geständnis, das zu den Verhaftungen führte, vom Hörensagen war.
Eine große Bundesjury in Jackson, MS, bestätigte die Anklage gegen die 19 Männer, doch am 24. Februar 1965 erklärte Bundesrichter William Harold Cox, der bekannt dafür ist, ein eingefleischter Segregationist zu sein, dass nur Rainey und Price "unter der Farbe" handelten des Staatsrechts "und er warf die anderen 17 Anklagen aus.
Erst im März 1966 setzte der Oberste Gerichtshof der USA Cox außer Kraft und stellte 18 der 19 ursprünglichen Anklagen wieder her.
Der Prozess begann am 7. Oktober 1967 in Meridian, Mississippi, unter dem Vorsitz von Richter Cox. Der gesamte Prozess war geprägt von rassistischen Vorurteilen und KKK-Verwandtschaft. Die Jury war rein weiß mit einem Mitglied und einem zugelassenen Ex-Klansman. Richter Cox, von dem man gehört hatte, dass er Afroamerikaner als Schimpansen bezeichnete, half den Staatsanwälten wenig.
Drei Klan-Informanten, Wallace Miller, Delmar Dennis und James Jordan, gaben belastende Zeugnisse über die Details, die zum Mord geführt hatten, und Jordan sagte über den tatsächlichen Mord aus.
Die Verteidigung bestand aus Charaktermangel, Verwandten und Nachbarn, die zur Unterstützung des beschuldigten Alibis aussagten.
In den abschließenden Argumenten der Regierung teilte John Doar den Geschworenen mit, dass das, was er und die anderen Anwälte während des Prozesses sagten, bald in Vergessenheit geraten würde, aber "was Sie heute hier tun, wird lange in Erinnerung bleiben."
Am 20. Oktober 1967 wurde das Urteil gefällt. Von den 18 Angeklagten wurden sieben für schuldig befunden und acht für nicht schuldig befunden. Zu den Schuldigen gehörten der stellvertretende Sheriff Cecil Price, der kaiserliche Zauberer Sam Bowers, Wayne Roberts, Jimmy Snowden, Billey Posey und Horace Barnett. Rainey und Eigentümer des Grundstücks, in dem die Leichen freigelegt wurden, Olen Burrage, waren unter den freigesprochen. Die Jury konnte im Fall von Edgar Ray Killen kein Urteil fällen.
Cox verhängte am 29. Dezember 1967 eine Haftstrafe.