Der aus Kentucky stammende General Albert Sidney Johnston war in den ersten Monaten des Bürgerkriegs ein bemerkenswerter Befehlshaber der Konföderierten. Nach seinem Abschluss in West Point im Jahr 1826 zog er später nach Texas und trat der Texas Army bei, wo er General Sam Houston als Adjutant zur Seite stand. Nach seinem Dienst im mexikanisch-amerikanischen Krieg kehrte Johnston zur US-Armee zurück und befehligte das kalifornische Ministerium, als der Bürgerkrieg begann. Er nahm bald einen Generalauftrag in der Konföderierten Armee an und wurde beauftragt, die Region zwischen den Appalachen und dem Mississippi zu verteidigen. Johnston galt zu Beginn des Krieges als einer der besten verfügbaren Offiziere und wurde bei der Schlacht von Shiloh im April 1862 tödlich verwundet.
Albert Sidney Johnston wurde am 2. Februar 1803 in Washington, KY, als jüngster Sohn von John und Abigail Harris Johnston geboren. Johnston wurde in jüngeren Jahren vor Ort ausgebildet und schrieb sich in den 1820er Jahren an der Transylvania University ein. Dort freundete er sich mit dem zukünftigen Präsidenten der Konföderation, Jefferson Davis, an. Wie sein Freund wechselte Johnston bald von Siebenbürgen zur US-Militärakademie in West Point.
Zwei Jahre jünger als Davis, schloss er 1826 sein Studium ab und belegte in einer Klasse von einundvierzig den achten Platz. Johnston nahm eine Kommission als stellvertretender Leutnant an und wurde in die 2. US-Infanterie versetzt. Johnston zog durch Posten in New York und Missouri und heiratete 1829 Henrietta Preston. Zwei Jahre später brachte das Paar einen Sohn, William Preston Johnston, zur Welt.
Mit Beginn des Black Hawk-Krieges im Jahr 1832 wurde er zum Stabschef von Brigadegeneral Henry Atkinson ernannt, dem Kommandeur der US-Streitkräfte in dem Konflikt. Obwohl Johnston ein angesehener und begabter Offizier war, musste er 1834 sein Amt niederlegen, um die an Tuberkulose sterbende Henrietta zu betreuen. Johnston kehrte nach Kentucky zurück und versuchte sich bis zu ihrem Tod 1836 in der Landwirtschaft.
Als Johnston einen Neuanfang suchte, reiste er in diesem Jahr nach Texas und wurde schnell in die Texas Revolution verwickelt. Kurz nach der Schlacht von San Jacinto trat er als Gefreiter in die texanische Armee ein. Seine militärische Erfahrung ermöglichte ihm einen raschen Aufstieg. Kurz danach wurde er zum Adjutanten von General Sam Houston ernannt. Am 5. August 1836 wurde er zum Oberst befördert und zum Generaladjutanten der Texas Army ernannt.
Als überlegener Offizier anerkannt, wurde er am 31. Januar 1837 zum Oberbefehlshaber der Armee im Rang eines Brigadegenerals ernannt. Im Zuge seiner Beförderung wurde Johnston daran gehindert, das Kommando tatsächlich zu übernehmen, nachdem er in einem Duell mit Brigadegeneral verwundet worden war Felix Huston. Johnston erholte sich von seinen Verletzungen und wurde am 22. Dezember 1838 vom Präsidenten der Republik Texas, Mirabeau B. Lamar, zum Kriegsminister ernannt.
Er diente für etwas mehr als ein Jahr in dieser Rolle und leitete eine Expedition gegen Indianer in Nordtexas. 1840 trat er zurück und kehrte kurz nach Kentucky zurück, wo er 1843 Eliza Griffin heiratete. Als das Ehepaar nach Texas zurückkehrte, ließ es sich auf einer großen Plantage namens China Grove im Brazoria County nieder.
Mit dem Ausbruch des mexikanisch-amerikanischen Krieges im Jahr 1846 half Johnston bei der Aufzucht der 1. Texas Rifle Volunteers. Als Oberst des Regiments nahm der 1. Texas am Feldzug von Generalmajor Zachary Taylor im Nordosten Mexikos teil. In jenem September, als das Regiment am Vorabend der Schlacht von Monterrey auslief, überredete Johnston mehrere seiner Männer, zu bleiben und zu kämpfen. Für den Rest der Kampagne, einschließlich der Schlacht von Buena Vista, hatte Johnston den Titel eines Generalinspektors von Freiwilligen inne. Nach Kriegsende kehrte er nach Hause zurück und kümmerte sich um seine Plantage.
Der heutige Präsident Zachary Taylor war beeindruckt von Johnstons Dienst während des Konflikts und ernannte ihn im Dezember 1849 zum Zahlmeister und Major der US-Armee. Johnston war einer der wenigen texanischen Militärs, die in den regulären Dienst gestellt wurden Durchschnittlich reisten 4.000 Meilen pro Jahr, um seine Pflichten zu erfüllen. Im Jahr 1855 wurde er zum Oberst befördert und beauftragt, die neue 2. US-Kavallerie zu organisieren und zu führen.
Zwei Jahre später leitete er erfolgreich eine Expedition nach Utah, um sich den Mormonen zu stellen. Während dieser Kampagne setzte er erfolgreich eine US-pro-Regierung in Utah ein, ohne Blutvergießen. Als Belohnung für die Durchführung dieser heiklen Operation wurde er zum Brigadegeneral gekürt. Nachdem Johnston einen Großteil des Jahres 1860 in Kentucky verbracht hatte, übernahm er das Kommando des Department of the Pacific und segelte am 21. Dezember nach Kalifornien.
Als sich die Sezessionskrise im Winter verschlimmerte, wurde Johnston von den Kaliforniern unter Druck gesetzt, sein Kommando nach Osten zu übernehmen, um gegen die Konföderierten zu kämpfen. Unbeirrt trat er schließlich am 9. April 1861 von seiner Kommission zurück, nachdem er erfahren hatte, dass Texas die Union verlassen hatte. Er blieb auf seinem Posten, bis sein Nachfolger im Juni eintraf. Anfang September reiste er durch die Wüste und erreichte Richmond, VA.
Johnston wurde von seinem Freund, Präsident Jefferson Davis, herzlich empfangen und zum General der Konföderierten Armee ernannt. Er wurde am 31. Mai 1861 zum ranghöchsten Offizier der Armee ernannt Befehl zur Verteidigung zwischen den Appalachen und dem Mississippi. Johnstons Befehl, der die Armee von Mississippi aufstellte, breitete sich bald über diese weite Grenze aus.