Joseph Hooker wurde am 13. November 1814 in Hadley, Massachusetts, als Sohn des örtlichen Ladenbesitzers Joseph Hooker und Mary Seymour Hooker geboren. Aufgewachsen vor Ort, stammte seine Familie aus alten Neuengland-Beständen und sein Großvater hatte während der amerikanischen Revolution als Kapitän gedient. Nach seiner frühen Ausbildung an der Hopkins Academy entschied er sich für eine militärische Karriere. Mit der Hilfe seiner Mutter und seines Lehrers konnte Hooker die Aufmerksamkeit des Vertreters George Grennell auf sich ziehen, der einen Termin bei der United State Military Academy vereinbarte.
Zu Hookers Klassenkameraden, die 1833 in West Point ankamen, gehörten Braxton Bragg, Jubal A. Early, John Sedgwick und John C. Pemberton. Er durchlief den Lehrplan, erwies sich als durchschnittlicher Schüler und schloss vier Jahre später als 29. in einer Klasse von 50 ab. Als Leutnant der 1. US-Artillerie wurde er nach Florida geschickt, um im Zweiten Seminolenkrieg zu kämpfen. Dort nahm das Regiment an mehreren kleineren Einsätzen teil und musste klimatische und umweltbedingte Herausforderungen bewältigen.
Mit Beginn des mexikanisch-amerikanischen Krieges im Jahr 1846 wurde Hooker dem Stab von Brigadegeneral Zachary Taylor zugeteilt. Als er an der Invasion im Nordosten Mexikos teilnahm, wurde er für seinen Auftritt in der Schlacht von Monterrey zum Captain befördert. Er wurde in die Armee von Generalmajor Winfield Scott versetzt und nahm an der Belagerung von Veracruz und dem Feldzug gegen Mexiko-Stadt teil. Wieder diente er als Stabsoffizier und zeigte beständig Kühle unter Beschuss. Im Laufe des Vormarsches erhielt er zusätzliche Brevet-Beförderungen zum Major und Oberstleutnant. Als hübscher junger Offizier entwickelte Hooker in Mexiko einen Ruf als Damenmann und wurde von den Einheimischen oft als "hübscher Kapitän" bezeichnet.
In den Monaten nach dem Krieg hatte Hooker einen Streit mit Scott. Dies war das Ergebnis der Unterstützung von Generalmajor Gideon Pillow durch Hooker gegen Scott beim ersteren Kriegsgericht. In dem Fall wurde Pillow Ungehorsam vorgeworfen, nachdem er sich geweigert hatte, übertriebene Nachbesserungsberichte zu überarbeiten, und dann Briefe an die Behörde geschickt hatte New Orleans Delta. Da Scott der leitende General der US-Armee war, wirkten sich die Aktionen von Hooker langfristig negativ auf seine Karriere aus und er schied 1853 aus dem Dienst aus. Er ließ sich in Sonoma, Kalifornien, nieder und begann als Entwickler und Bauer zu arbeiten. Hooker beaufsichtigte eine 550 Hektar große Farm und baute Cordholz mit begrenztem Erfolg an.
Hooker wurde zunehmend unzufrieden mit diesen Beschäftigungen und wandte sich dem Trinken und Glücksspiel zu. Er versuchte sich auch in der Politik, wurde aber geschlagen, um sich für den Landtag zu bewerben. Der Zivilbevölkerung überdrüssig, bewarb sich Hooker 1858 bei Kriegsminister John B. Floyd und beantragte die Wiedereinsetzung als Oberstleutnant. Dieser Antrag wurde abgelehnt und seine militärischen Aktivitäten beschränkten sich auf ein Oberstleutnant der kalifornischen Miliz. Als Ausgangsbasis für seine militärischen Bestrebungen beaufsichtigte er sein erstes Lager im Landkreis Yuba.
Als der Bürgerkrieg ausbrach, fehlte Hooker das Geld, um nach Osten zu reisen. Von einem Freund gebeutelt machte er sich auf den Weg und bot der Union sofort seine Dienste an. Seine anfänglichen Bemühungen wurden zurückgewiesen und er wurde gezwungen, die Erste Schlacht von Bull Run als Zuschauer zu sehen. Nach der Niederlage schrieb er einen leidenschaftlichen Brief an Präsident Abraham Lincoln und wurde im August 1861 zum Brigadegeneral der Freiwilligen ernannt.
Er wechselte schnell von der Brigade zum Divisionskommando und half Generalmajor George B. McClellan bei der Organisation der neuen Potomac-Armee. Mit Beginn des Feldzugs auf der Halbinsel im Frühjahr 1862 befehligte er die II. Division des III. Korps. Die Division Hooker rückte auf der Halbinsel vor und nahm im April und Mai an der Belagerung von Yorktown teil. Während der Belagerung erlangte er den Ruf, für seine Männer zu sorgen und für ihr Wohlergehen zu sorgen. Hooker zeigte am 5. Mai in der Schlacht von Williamsburg eine gute Leistung und wurde mit Wirkung zu diesem Datum zum Generalmajor befördert, obwohl er sich durch den Bericht seines Vorgesetzten nach der Aktion beeinträchtigt fühlte.
Es war während seiner Zeit auf der Halbinsel, dass Hooker den Spitznamen "Fighting Joe" erhielt. Von Hooker abgelehnt, der glaubte, er würde sich wie ein gewöhnlicher Bandit anhören, war der Name das Ergebnis eines Tippfehlers in einer nordischen Zeitung. Trotz der Rückschläge der Union während der Sieben-Tage-Schlachten im Juni und Juli glänzte Hooker weiterhin auf dem Schlachtfeld. Er wurde nach Norden zum Heer von Generalmajor John Pope in Virginia versetzt und nahm Ende August an der Niederlage der Union in Second Manassas teil.
Am 6. September erhielt er das Kommando über das III. Korps, das sechs Tage später zum I. Korps ernannt wurde. Als die Armee von General Robert E. Lee aus Nord-Virginia nach Norden nach Maryland zog, wurde sie von Unionstruppen unter McClellan verfolgt. Hooker führte sein Korps zum ersten Mal am 14. September in der Schlacht an, als es in South Mountain gut kämpfte. Drei Tage später eröffneten seine Männer die Kämpfe in der Schlacht von Antietam und setzten konföderierte Truppen unter Generalmajor Thomas "Stonewall" Jackson ein. Im Verlauf der Kämpfe wurde Hooker am Fuß verletzt und musste vom Feld genommen werden.
Nachdem er sich von seiner Wunde erholt hatte, kehrte er zur Armee zurück und stellte fest, dass Generalmajor Ambrose Burnside McClellan ersetzt hatte. Angesichts des Kommandos einer "Grand Division", bestehend aus dem III. Und V. Korps, erlitten seine Männer in der Schlacht von Fredericksburg im Dezember schwere Verluste. Als langjähriger Vokalkritiker seiner Vorgesetzten griff Hooker Burnside in der Presse unerbittlich an und nach dessen gescheitertem Schlammmarsch im Januar 1863 verstärkten sich diese. Obwohl Burnside beabsichtigte, seinen Gegner zu entfernen, wurde er daran gehindert, als er selbst am 26. Januar von Lincoln abgelöst wurde.
Als Ersatz für Burnside wandte sich Lincoln wegen seines Rufs als aggressiver Kämpfer an Hooker und übersah die Geschichte des Generals mit seiner Offenheit und seinem harten Leben. Hooker übernahm das Kommando der Potomac-Armee und arbeitete unermüdlich daran, die Bedingungen für seine Männer zu verbessern und die Moral zu verbessern. Diese waren größtenteils erfolgreich und er war bei seinen Soldaten sehr beliebt. Hookers Plan für das Frühjahr sah eine groß angelegte Razzia der Kavallerie vor, um die Versorgungslinien der Konföderierten zu stören, während er die Armee auf einem ausgedehnten Marsch in die Flanken führte, um Lees Position bei Fredericksburg im Hintergrund zu treffen.
Während der Angriff der Kavallerie größtenteils gescheitert war, gelang es Hooker, Lee zu überraschen und sich in der Schlacht von Chancellorsville einen frühen Vorteil zu verschaffen. Obwohl Hooker erfolgreich war, verlor er im weiteren Verlauf des Kampfes allmählich die Nerven und nahm eine zunehmend defensive Haltung ein. Hooker wurde durch einen kühnen Angriff von Jackson am 2. Mai in die Flanke gedrängt und zurückgedrängt. Am nächsten Tag, auf dem Höhepunkt der Kämpfe, wurde er verletzt, als die Säule, an die er sich lehnte, von einer Kanonenkugel getroffen wurde. Anfangs bewusstlos geschlagen, war er fast den ganzen Tag über arbeitsunfähig, weigerte sich jedoch, das Kommando abzutreten.
Er erholte sich und musste sich über den Rappahannock zurückziehen. Nachdem Lee Hooker besiegt hatte, zog er nach Norden, um in Pennsylvania einzudringen. Hooker wurde angewiesen, Washington und Baltimore zu filmen und folgte ihm, obwohl er zuerst einen Streik gegen Richmond vorschlug. Als er nach Norden zog, geriet er mit Washington in einen Streit über Verteidigungsmaßnahmen bei Harpers Ferry und bot aus Protest spontan seinen Rücktritt an. Nachdem Lincoln zunehmend das Vertrauen in Hooker verloren hatte, akzeptierte er Generalmajor George G. Meade und ernannte ihn als Nachfolger. Meade würde die Armee einige Tage später in Gettysburg zum Sieg führen.
Nach Gettysburg wurde Hooker zusammen mit dem XI. Und XII. Korps nach Westen zur Army of the Cumberland versetzt. Er diente unter Generalmajor Ulysses S. Grant und gewann schnell seinen Ruf als effektiver Kommandeur in der Schlacht von Chattanooga zurück. Während dieser Operationen gewannen seine Männer die Schlacht am Aussichtsberg am 23. November und nahmen zwei Tage später an den größeren Kämpfen teil. Im April 1864 wurden das XI. Und das XII. Korps unter Hookers Befehl zum XX. Korps zusammengelegt.
Das XX Corps, das in der Army of the Cumberland diente, schnitt während der Fahrt von Generalmajor William T. Sherman gegen Atlanta gut ab. Am 22. Juli wurde der Befehlshaber der Armee von Tennessee, Generalmajor James McPherson, in der Schlacht von Atlanta getötet und durch Generalmajor Oliver O. Howard ersetzt. Dies erzürnte Hooker, als er älter war und Howard für die Niederlage in Chancellorsville verantwortlich machte. Appelle an Sherman waren vergebens und Hooker bat um Erleichterung. Als er Georgia verließ, wurde ihm für den Rest des Krieges das Kommando des Nordministeriums übertragen.
Nach dem Krieg blieb Hooker in der Armee. Er trat 1868 als Generalmajor in den Ruhestand, nachdem er einen Schlaganfall erlitten hatte, der ihn teilweise gelähmt hatte. Nachdem er einen Großteil seines Lebens im Ruhestand in New York verbracht hatte, starb er am 31. Oktober 1879 bei einem Besuch in Garden City, NY. Er wurde auf dem Spring Grove Cemetery in Olivia Groesbeck, der Heimatstadt von Cincinnati, OH, beigesetzt. Obwohl er für sein hartes Trinken und seinen wilden Lebensstil bekannt ist, ist das Ausmaß von Hookers persönlichen Eskapaden unter seinen Biographen umstritten.