Die Ursprünge des mexikanisch-amerikanischen Krieges lassen sich größtenteils darauf zurückführen, dass Texas 1836 seine Unabhängigkeit von Mexiko erlangte. Nach seiner Niederlage in der Schlacht von San Jacinto (21.04.1836) wurde der mexikanische General Antonio López de Santa Anna gefangen genommen gezwungen, die Souveränität der Republik Texas im Austausch für seine Freiheit anzuerkennen. Die mexikanische Regierung lehnte es jedoch ab, das Abkommen von Santa Anna einzuhalten und erklärte, dass er nicht befugt sei, ein solches Geschäft abzuschließen, und dass Texas immer noch eine Provinz im Aufruhr sei. Alle Überlegungen der mexikanischen Regierung, das Territorium schnell wiederzugewinnen, wurden zunichte gemacht, als die neue Republik Texas von den Vereinigten Staaten, Großbritannien und Frankreich diplomatische Anerkennung erhielt.
Während der nächsten neun Jahre sprachen sich viele Texaner offen für eine Annexion durch die Vereinigten Staaten aus, doch Washington lehnte die Angelegenheit ab. Viele im Norden waren besorgt, der Union einen weiteren „Sklavenstaat“ hinzuzufügen, während andere besorgt waren, einen Konflikt mit Mexiko auszulösen. 1844 wurde der Demokrat James K. Polk auf einer annektierungsfreundlichen Plattform in die Präsidentschaft gewählt. Sein Vorgänger, John Tyler, leitete rasch ein Staatsverfahren im Kongress ein, bevor Polk sein Amt antrat. Texas trat offiziell der Union am 29. Dezember 1845 bei. Als Reaktion auf diese Aktion drohte Mexiko mit dem Krieg, wurde jedoch von den Briten und Franzosen davon überzeugt.
Als die Annexion 1845 in Washington diskutiert wurde, eskalierten die Kontroversen um die Lage an der südlichen Grenze von Texas. Die Republik Texas gab an, dass die Grenze am Rio Grande liegt, wie in den Verträgen von Velasco festgelegt, die die Texas-Revolution beendet hatten. Mexiko argumentierte, dass der in den Dokumenten festgelegte Fluss der Nueces war, der sich ungefähr 150 Meilen weiter nördlich befand. Als Polk die texanische Position öffentlich unterstützte, begannen die Mexikaner, Männer zu versammeln und Truppen über den Rio Grande in das umstrittene Gebiet zu schicken. Daraufhin wies Polk Brigadegeneral Zachary Taylor an, eine Truppe nach Süden zu schicken, um den Rio Grande als Grenze durchzusetzen. Mitte 1845 gründete er einen Stützpunkt für seine "Besatzungsarmee" in Corpus Christi in der Nähe der Mündung der Nueces.
Um die Spannungen abzubauen, entsandte Polk im November 1845 John Slidell als Bevollmächtigten des Ministers nach Mexiko, um die Verhandlungen über den Erwerb von Land durch die Vereinigten Staaten von den Mexikanern zu eröffnen. Im Gegenzug sollte Slidell bis zu 30 Millionen US-Dollar für die Lokalisierung der Grenze am Rio Grande sowie der Gebiete Santa Fe de Nuevo in Mexiko und Alta in Kalifornien bereitstellen. Slidell wurde auch ermächtigt, den US-Bürgern aus dem mexikanischen Unabhängigkeitskrieg (1810-1821) den Schadenersatz in Höhe von 3 Millionen US-Dollar zu vergeben. Dieses Angebot wurde von der mexikanischen Regierung abgelehnt, die aufgrund interner Instabilität und öffentlichen Drucks nicht zu Verhandlungen bereit war. Die Situation wurde weiter entflammt, als eine von dem bekannten Entdecker Captain John C. Frémont angeführte Gruppe in Nordkalifornien ankam und begann, amerikanische Siedler in der Region gegen die mexikanische Regierung aufzuregen.
Im März 1846 erhielt Taylor von Polk den Befehl, in das umstrittene Gebiet nach Süden zu ziehen und sich entlang des Rio Grande zu positionieren. Dies wurde von dem neuen mexikanischen Präsidenten Mariano Paredes veranlasst, der in seiner Antrittsrede erklärte, er wolle die territoriale Integrität Mexikos bis zum Sabine River, einschließlich ganz Texas, wahren. Taylor erreichte den Fluss gegenüber von Matamoros am 28. März und wies Kapitän Joseph K. Mansfield an, am Nordufer ein irdenes Sternenfort mit dem Namen Fort Texas zu errichten. Am 24. April traf General Mariano Arista mit rund 5.000 Mann in Matamoros ein.
Am folgenden Abend stieß Kapitän Seth Thornton auf eine Truppe von 2.000 mexikanischen Soldaten, als er 70 US-Dragoner dazu brachte, eine Hacienda in dem umstrittenen Gebiet zwischen den Flüssen zu untersuchen. Es kam zu einem heftigen Feuergefecht und 16 von Thorntons Männern wurden getötet, bevor der Rest zur Kapitulation gezwungen wurde. Am 11. Mai 1846 bat Polk unter Berufung auf die Thornton-Affäre den Kongress, Mexiko den Krieg zu erklären. Nach zwei Tagen der Debatte stimmte der Kongress für den Krieg - ohne zu wissen, dass der Konflikt bereits eskaliert war.